社会的全面健康发展离不开农业、农村、农民的积极参与。随着我国社会主义现代化建设步伐的加快，“三农”问题已经到了必须解决的地步。本文试图从制度伦理这一本原层面来探讨“三农”问题的解决途径。首先阐述了制度的本质，论证了制度绩效与制度伦理之间有着密切的正相关关系，并且认为自由与平等是制度伦理的两大基本原则，在此基础上指出，目前三农问题的根源就在于制度安排缺乏正义性，忽视了农民的自由平等权利，压抑了农民生产的积极性、主动性和创造性，最终缺乏制度绩效。因此，根据制度伦理精神，给予农民国民待遇是解决“三农”问题的必然选择。具体而言，就是废除城乡隔绝的二元户籍制度，改革不平等的财政体制和金融体制，尽量把全国农民覆盖在社会保障体系之下。只有彻底打破城乡二元结构的等级制度，把农民从农村的禁锢和壁垒下解放出来，还农民以平等的人身和自由权利，才能从根本上解决长期困扰我国经济、社会可持续发展的“三农”问题。