本研究利用微卫星分子标记对河南地方山羊品种生态类型开展了遗传多样性分析，旨在从分子水平查清我省地方山羊品种最新遗传变异情况，确定我省不同地方山羊品种以及同一品种所处不同生态型的遗传差异，为我省地方山羊品种资源的保护、开发及利用提供基础数据和理论依据。结果如下：1．通过对南北麓型伏牛白山羊生态类型的研究，结果显示出北麓型伏牛白山羊40个个体中共检测到212个等位基因，平均每个位点11.78个；南麓型共检测到168个等位基因，平均每个位点9.33个，南北麓之间差异显著。在平均多态信息含量上，北麓型平均多态信息含量比南麓的高出1.51%，且两者呈显著性差异(0.05＞P＞0.01)；杂合度上，平均观察杂合度间则差异并不显著(P＞0.05)；等位基因数上，南北麓伏牛白山羊的平均观察等位基因数之间呈极显著性差异(P﹤0.01)。研究表明，18个微卫星位点在两群体中的遗传变异程度均较高，南北麓伏牛白山羊之间一定的差异，且南麓型伏牛白山羊群体的遗传多样性略低于北麓型伏牛白山羊群体。这是由于二者产区的自然生态环境和社会经济条件不同，在人工选择和自然选择的作用下，遗传结构已发生了较大的变异，并形成了不同的生态类型。2．通过对太行黑山羊与济源本地山羊的微卫星遗传多样性的分析与比较。结果表明18个微卫星位点在太行黑山羊45个个体中共检测到154个等位基因，平均每个位点8.56个，而在济源本地山羊40个个体中共检测到173个等位基因，即平均各位点为9.61个，且除BMS1724位点外，17个位点之间的等位基因频率都有极显著性差异(P﹤0.01)；两山羊群体的平均观察杂合度和平均观察等位基因数之间均呈极显著性差异(P﹤0.01)，且太行黑山羊分别比济源本地山羊低5.54%和11.56%；平均多态信息含量之间呈显著性差异(0.05＞P＞0.01)，但两山羊群体的平均有效等位基因数差异并不显著(P＞0.05)。通过分析推断，认为济源本地山羊并非太行黑山羊。3．通过中心产区与边缘产区槐山羊生态类型的研究，结果表明18个微卫星位点在周口槐山羊45个个体中共检测到160个等位基因，平均每个位点8.83个；在息县40个个体中共检测到177个等位基因，即平均各位点为9.83个；在台前30个个体中总共检测的等位基因数为170个，平均每个位点9.44个；两不同产区间有明显差异。各指标对比显示：息县与周口的观察杂合度之间呈显著性差异(0.05＞P＞0.01)，而台前与周口的群体达到极显著性差异(P﹤0.01)；息县与周口的多态信息含量和有效等位基因数之间均呈显著性差异(0.05＞P＞0.01)，但台前与周口之间差异并不显著(P＞0.05)。息县与周口的观察等位基因数呈极显著性差异(P﹤0.01)，而台前与周口之间则只是显著性差异(0.05＞P＞0.01)。研究表明，中心产区槐山羊种质资源保持了丰富的遗传多样性，却略低于边缘产区槐山羊群体遗传多样性，且两产区遗传结构存在一定的变异，二者之间形成了不同的生态类型，分析认为这与两不同产区的自然生态环境和社会经济条件密切相关。