金沙江上游是长江上游的重要组成部分,对该区域的鱼类和底栖动物的研究对长江全流域的水生生物研究和保护具有重要意义。作者分别于2019年9月和2020年6月对研究区域的主要的12水体进行了系统调查,分析了其鱼类和底栖动物的物种组成、多样性现状、群落的空间分布以及影响群落空间的主要环境因子;构建了鱼类完整性指数（F-IBI）和底栖动物完整性指数（B-IBI）,对研究区域的水生生态健康状况进行了评价;使用Maxent模型预测了金沙江上游土著和入侵鱼类的适生区;对研究区域水生生物的威胁因子进行评估,提出保护建议。主要的研究结果如下:1.金沙江上游共分布有鱼类44种（含2亚种）,隶属于3目9科25属,其中土著鱼类共计33种,裂腹鱼亚科、高原鳅属和鮡科共有28种（84.85%）,国家二级保护鱼类5种,省级保护鱼类7种,濒危（EN）鱼类9种,易危（VU）鱼类6种,近危（NT）1种,中国特有种30种,长江上游特有种27种,金沙江特有种12种。秋季调查共采集鱼类1432尾,隶属于3目5科15属,夏季调查共采集鱼类810尾,隶属于3目6科12属,优势度最高的均为短须裂腹鱼、硬刺松潘裸鲤和软刺裸裂尻鱼。秋季的H’、D、J’平均值为1.46、0.77和0.73,夏季H’、D、J’平均值为1.20、0.84和0.63,多样性季节变化不显著,空间上数值呈现出西高东低,北高南低的分布格局。基于Cluster和NMDS分析,研究区域内的鱼类在秋季可划分为4个群落,夏季可划分为5个群落,影响鱼类群落空间分布的主要环境因子为水温、海拔和pH。2.调查共鉴定出底栖动物93种,隶属于5门5纲10目42科88属,节肢动物门76种（86.36%）,软体动物门7种（7.95%）,环节动物门4种（4.55%）,扁形动物门和线虫动物门均仅有1种（1.14%）。秋季调查共采集到底栖动物40种,隶属于3门5纲12目28科,优势度最高的为四节蜉（Baetis sp.）、扁蜉（Heptagenia sp.）和纹石蚕（Hydropsyche sp.）,优势度分别为20.29%、5.35%和2.34%,平均值密度为257.8ind./m2,平均生物量是3.08g/m2;夏季调查共采集到底栖动物69种,隶属于5门7纲14目35科,优势度最高的为四节蜉属（Baetis sp.）、蜉蝣属（Ephemera sp.）和似动蜉属（Cinygmina sp.）,优势度分别为8.23%、7.14%、7.14%,平均值密度为308ind./m2,平均生物量是3.04g/m2。秋季的H’、D、J’平均值为2.52、2.39和0.71,夏季H’、D、J’平均值为2.72、3.57和0.74,多样性季节变化不显著。基于Cluster和NMDS分析,研究区域内的底栖动物在秋季可划分为5个群落,夏季科划分为4个群落,影响底栖群落空间分布的主要环境因子为水温和溶氧。3.本研究分布选取鱼类和底栖动物作为指示生物,构建金沙江上游河流生态健康的生物完整性评价体系,通过α多样性系数和现场调查选取参照点和受损点,经过候选指标分布范围检验、敏感性分析和相关性检验,从23个F-IBI候选指标中筛选出鱼类总物种数、外来鱼类总物种数、裂腹鱼亚科鱼类物种数、条鳅科鱼类物种数、Shannon-Wiener多样性指数、肉食性鱼类个体百分比、中下层鱼类物种数百分比、底层鱼类物种数百分比、沉性卵鱼类物种数百分比、黏性卵鱼类物种数百分比、特殊产卵类型鱼类物种数百分比、条鳅科个体数占总数百分比、特有种占总数百分比和濒危易危种占总数百分比共计14个指标构建F-IBI,结果表明研究区域72.73%的水体处于亚健康以上,27.27%的水体处于不健康状态。从33个B-IBI候选指标中筛选出总分类单元数、蜉蝣目分类单元数、前3位优势分类单元的个体相对丰度、襀翅目个体相对丰度、毛翅目个体相对丰度、鞘翅目个体相对丰度、耐污类群个体相对丰度、FBI指数、收集者个体相对丰度、捕食者个体相对丰度、Simpson多样性指数共计11个指标构建B-IBI,结果表明82.61%的水域处于亚健康以上,17.39%的处于不健康的状态。4.基于Maxent模型,使用本实验室近十年在金沙江上游的鱼类采集记录以及WorldClim下载的20个环境变量,对区域内的土著和入侵鱼类进行了适生区预测,结果表明金沙江上游干流以及水洛河和定曲中上游水体是土著鱼类的最优生境,金沙江上游南部区域是入侵鱼类的最优生境。河流威胁因子评估显示,水电站的运行、乡镇的有无、外来物种入侵和旅游开发是金沙江上游水体的主要威胁因子。