多主棒孢（Corynespora cassiicola）是一种重要的植物病原真菌,它可以侵染为害热带及亚热带地区的多种经济作物,造成经济损失巨大。本文从病原菌的表型特征、致病力分化和分子系统发育分析三个方面,分析国内不同寄主不同地理来源多主棒孢菌的种群多样性,构建病原菌的Cassiicolin基因条形码,主要研究结果如下:根据多主棒孢与不同寄主之间交互侵染和与4个不同抗性水平的橡胶种质致病力测定发现,国内多主棒孢病原菌具有不同的致病型,其致病型与寄主来源、地理来源及毒素类型有关。多基因系统发育分析结果发现,供试的127个多主棒孢菌株可划分为3大类群,其遗传类群与寄主、致病力密切相关。第I类群主要是国内橡胶上的多主棒孢菌株,第Ⅱ类群和第Ⅲ类群主要包含瓜菜上和国外（柬埔寨、印度）橡胶上的多主棒孢菌株。PCR扩增获得的287个供试菌株的Cassiicolin基因序列分析发现,223个菌株为Cas5亚型,12个菌株为Cas2亚型。筛选获得了Cassiicolin毒素基因的多主棒孢条形码基因,将基因序列上传至数据库,获得相关序列登录号,构建了含235个菌株的Cassiicolin基因条形码。