目标区域测序在新生儿和不典型1型糖尿病遗传基础研究中的应用

来源 :北京协和医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lbsylh
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的新生儿糖尿病(Neonatal DiabetesMellitus, NDM)是一种罕见的单基因遗传疾病,通常指出生后6个月内发生的糖尿病。也有少数出生6个月之后发生的糖尿病经基因检测后被确诊为单基因糖尿病。迄今为止,已确证的致病基因超过20种,以编码钾离子通道(ATP sensitive Potassium Channel, KATP)基因ABCC8、KCNJ11发生率最高。携带KATP突变患者大部分可从胰岛素注射成功转换为口服磺脲类药物治疗。明确基因诊断同时有助于患者家系进行遗传咨询。新生儿糖尿病的遗传基础具有高度异质性。目前,仍有部分患者病因未明。此外,不典型1型糖尿病患者临床表现和疾病进展迥异于典型患者,其背后的病因学机制也可能不同。尽管经典的Sanger测序技术至今仍是单基因疾病诊断领域的金标准,探索常规基因筛查阴性的新生儿糖尿病患者以及不典型1型糖尿病患者潜在的遗传基础,传统测序技术己不再适用。2009年第二代高通量测序技术(High-throughput sequencing technology)的引入使单基因疾病的研究进展迅速。本研究旨在结合传统测序与第二代测序技术(目标区域测序),进一步研究新生儿糖尿病和不典型1型糖尿病的分子遗传学基础,着重于未知致病基因的探索。对象和方法1.病例入组本中心共收集30例符合入组要求患者,经充分知情同意后,采集患者临床病史,包括出生体重、起病年龄、起病时症状、其他糖尿病综合征相关异常表现、实验室检查(空腹血糖、空腹胰岛素及C肽、糖化血红蛋白、1型糖尿病相关抗体等)和家族史;留取患者、患者同胞及父母外周血2-4ml。2.基因检测流程入组患者按起病年龄分为两组。一组:6个月以内起病患者,采用Sanger测序法对常见致病基因KCNJ11、INS和ABCC8进行筛查,筛查阴性患者进行目标区域外显子捕获及高通量测序。另一组:6个月以后起病患者,其中1岁以内起病患者常规筛查KCNJ11和INS基因,阴性患者和1岁以后起病患者一起进行高通量测序。其中,如患者表现为糖尿病综合征,采用Sanger测序法筛查相关致病基因,阴性患者进入高通量测序。3.数据分析高通量测序数据产出后,根据测序深度和覆盖度对测序质量进行评价。去除读取次数小于20次的低质量数据,余下的数据按照下面的标准进行功能性变异的筛检:1)变异位点位于功能区:编码区和剪切区;2)单碱基变异为无义突变、错义突变,或致剪切位点改变;插入/缺失变异导致移码突变、无义突变或剪切位点改变;3)突变位点MAF<0.01,或为非SNP位点。4.验证对筛选出的功能性变异设计引物,进行Sanger测序验证。验证阳性的突变位点,在家系内再次验证。符合孟德尔疾病遗传模式的变异位点,在表型正常的样本中进一步扩大验证。结果6例新生儿糖尿病患者常规筛查检出4例阳性患者,2例为KCNJ11突变,2例为INS突变;24例不典型1型糖尿病患者中,1例表现为Wolfram综合征,检出WFS1基因纯合突变。常规筛查阴性的2例新生儿糖尿病患者和22/23例不典型1型糖尿病患者进行目标区域测序,结果未发现可以致病突变。结论常规Sanger测序仍然是新生儿糖尿病基因诊断的首选方式。扩大范围的目标区域测序对病因未明的新生儿糖尿病患者是必要的。对不典型1型糖尿病患者进行常规基因筛查是有意义的,但现有临床筛选标准有待改进。扩大范围的目标区域测序对不典型1型糖尿病患者是否必要有待进一步探索研究。
其他文献
目的探讨甘氨酸颗粒喷砂抛光对维护期牙周炎患者龈下微生物的影响。方法收集2014年1月至2016年12月该院诊治的牙周炎患者80例,将其分为观察组和对照组,各40例。对照组采用传
目的 观察新生鼠实验性缺氧缺血性脑损伤(HIBD)后脑组织中μ-calpain mRNA及蛋白质水平的表达,研究caspase-3活性亚单位及凋亡细胞的变化规律,并观察予calpain抑制剂-3(MDL2817
研究背景1、动脉导管未闭的的发病率及发生机制动脉导管未闭(PDA)是早产儿生后早期重要的并发症之一。胎龄越小、出生体重越低越易发生。生后第4天,胎龄30周以上的早产儿有10
根据GenBank中猪传染性胸膜肺炎放线杆菌apxⅣA基因序列,设计了1对引物,通过对PCR反应条件进行优化,研制了检测猪传染性胸膜肺炎放线杆菌的PCR试剂盒。该试剂盒扩增的阳性条
制作绛墨是新绛县的传统产业,过去常当作贡品,百余年来受到群众追捧。绛墨,又称新绛墨锭,其制作技艺是山西省省级非物质文化遗产。积文斋笔墨庄是一家有着八十多年历史的传统
目的:为了研究宫内乙型肝炎病毒(HBV)感染儿童干扰素-γ(IFN-γ)基因多态性(包括+874A/T SNP及CA重复序列)与宫内HBV感染易感性的关系,探讨宫内HBV感染的遗传易感因素。 方法
前言 感染性休克是小儿时期常见的一组严重的多脏器功能衰竭综合症。临床医师发现严重的内毒素血症,体内酸碱平衡紊乱,出现难治性或顽固性代谢性酸中毒,心肌收缩无力,难治