认罪认罚从宽制度的确立旨在提高刑事诉讼效率、推动司法制度现代改革并真正实现案件的繁简分流。然而,对于认罪认罚案件的程序适用,2018年修订的《刑事诉讼法》规定应当根据案件性质分别适用了速裁程序、简易程序以及普通程序这三大程序审理。这一立法规定实际上是将认罪认罚从宽制度视为一种配套制度,将认罪认罚从宽制度的内涵过度限缩,并具体地依附于三大诉讼程序。此立法模式进而导致在司法实践中出现了认罪认罚案件的配套程序供给作用有限、程序间区分度不足及诉讼整体效率低等一系列问题。事实上,认罪认罚从宽制度作为一个集合性制度系统,应当具有配套的程序体系和专门化的规则机制在横向上予以支撑,并具有高效的侦控审流转机制在纵向上予以推动。因此,本文将以现行的三大刑事诉讼程序为制度设计蓝本,并以认罪认罚从宽制度的司法现状以及设立目标为根据,从而构建独立化的认罪认罚从宽诉讼程序系统并实现体系内的层次化构造,以完善我国的刑事诉讼程序分流体系,实现认罪认罚从宽诉讼程序体系与普通程序体系的平行格局,真正实现案件的繁简分流,司法资源的合理配置以及诉讼效率的实质性提升。本文主体内容共包含五章:第一章主要探析现行认罪认罚案件的程序适用模式及程序适用中存在的现实困境和原因。先从认罪认罚从宽制度现有法律规定及诉讼程序模式特征着手,结合其在司法实践运用中的实际情况,剖析实践中存在的困境和难题。再结合认罪认罚从宽制度设立的初衷以及刑事诉讼制度改革的目的,进一步揭示实践困境与难题出现的本质原因,从而对现有认罪认罚案件诉讼程序立法模式的合理性与可行性提出质疑,并针对质疑提出初步的改革设想。第二章主要对建构独立化的认罪认罚从宽诉讼程序的合理性在理论与现实层面进行论证与分析。一方面,在理论层面上,从认罪认罚案件与非认罪认罚案件在案件性质上以及在适用程序规则上存在的根本差异性展开论述,证明理论上对认罪认罚案件与普通案件的处理程序应当进行差异化与层次化设计。另一方面,在现实层面上,从刑事政策、诉讼制度改革以及我国目前的犯罪形势角度进行分析,论证在现实需求层面建立独立化的认罪认罚从宽诉讼程序以专门处理认罪认罚案件的必要性与紧迫性。第三章从比较法视野下对域外认罪案件处理程序进行研究与考察。首先对英美法系的典型代表国家美国、英国以及大陆法系的典型代表国家法国、日本设立的认罪案件处理程序及运行机制进行了个别化研究与分析;而后,从美国、英国及法国、日本四国对认罪案件的处理程序中总结共性与差异性,并在此经验基础之上探究适合我国国情的认罪案件处理程序方案与启示。第四章重点阐述了独立化的认罪认罚从宽诉讼程序的体系化及层次化构建方案。具体从认罪认罚案件分流后诉讼结构的外部变动及诉讼程序的内部构成两大视角分析。在外部诉讼结构的变动上,重点分析了其与普通程序体系间如何界分、转换与衔接以及两大程序在规则设计上应当具备的不同侧重点。在诉讼程序的内部构成上,具体论述了认罪认罚从宽诉讼程序应当具备独立的自愿性审查程序与量刑协商程序作为程序的实体性象征,案件正式庭审前应当进行必要的审查程序以及重罪认罪案件与轻罪认罪案件在程序上应当进行差异化的规则制定。第五章具体论述了认罪认罚从宽诉讼程序的配套制度,以夯实认罪认罚从宽诉讼程序体系,为我国司法改革实现突破性效应保驾护航。具体则从诉讼效率提升与实体正义保障两个维度展开配套制度的构建,力求整个认罪认罚从宽诉讼程序体系在保证实体正义的基本要求之上,充分体现效率价值,最终达到繁简分流的效果。