使用方剂防治疾病是传统中医药最显著的特色。然而，中药方剂化学组成高度复杂，其药理作用具有多途径、多靶点和整合调节的特点，使得阐明其药效物质基础的研究非常困难。本文研究探讨了中药方剂化学组的基本概念，将其定义为方剂或者方剂提取物所有化学成分，并利用分子医学的最新成果，借鉴高通量筛选和组合化学痒等现代新药发现技术手段，试图建立“中药方剂化学组学”研究方法学。其基本涵义是:在对方剂化学物质进行全景式分析和表征基础上，用离体的多靶点活性模型筛选方剂活性成分，然后研究活性成分与方剂疗效和毒副作用之间的关系及其相互作用，进而揭示方剂的整合调节作用机理。　　本论文选择临床上防治动脉粥样硬化的有效方剂——精制血府逐瘀汤为具体研究对象，对所涉及的技术和方法开展一系列研究。主要研究内容和学术贡献包括:　　1.以精制血府逐瘀汤中低极性组分为实例，考察了HPLC-DAD-MS方法对中药方剂活性组分进行全局分析的优势和缺陷。　　2.提出了一种标准化的二维液相色谱方法，适合对方剂中低极性提取物进行高效和系统的分离。在第二维色谱分离中，采用半制备HPLC建立符合高通量活性筛选要求的方剂馏分库，并用HPLC-DAD-MS对方剂成分进行全景式分析。　　3.发展了一种计算机辅助数据处理方法，根据HPLC-DAD-MS提供的谱峰分析数据（保留时间、分子量、紫外吸收等），对方剂化学成分进行表征和药材归属的判断，利用这些数据还可以对方剂化学成分进行类药性评价。　　4.建立了利用方剂馏分库进行活性筛选并快速指认活性化合物的流程。该研究模式借助一系列与方剂药效相关的离体模型筛选活性馏分，然后根据馏分的分析数据确定主要成分的特征和药材来源，并直接从药材中制备化合物，最后对有关化合物的活性进行确认，并采用波谱分析方法鉴定化学结构。　　5.以精制血府逐瘀汤为典型实例，建立了方剂中低极性提取物的馏分库，并利用HPLC-DAD-MS获得的分析数据对检出的成分进行表征，应用一系列与动脉粥样硬化有关的细胞筛选模型发现了数个活性化合物，包括能够激活过氧化物增生体激活物受体和雌激素受体的naringenin和hesperetin，以及能够抑制LPS激活的单核细胞分泌TNF-α的Z-ligustilide和senkyunolide A。　　6.发现Z-ligustilide和senkyunolide A抑制LPS激活的单核细胞分泌TNF-α的作用归因于下调TNF-α的转录。此外，这两个苯酞内酯对TNF-α介导的NF-κB活化也显示抑制活性。用轻微氧化修饰的LDL刺激内皮细胞细胞引起单核细胞黏附，而Z-ligustilide和senkyunolide A能够减少细胞黏附。这些研究结果为精制血府逐瘀汤的临床应用提供了新的科学解释。　　本论文提出的方法便于更全面和更准确地认识方剂化学物质体系，有利于更加经济高效地发现方剂活性成分，为方剂化学组学研究提供了方法学和一系列适用的技术。