DNA双螺旋结构模型的确立标志着生物学进入分子生物学时代。分子生物学的快速发展使得生物学成为继相对论和量子力学革命以来发展最快、成就最多的学科之一。分子生物学理论的巨大成就,对人类的认识论、思维方式及社会发展都产生了很大的影响。因此,对其核心概念进行分析,显得尤为必要。而在对这些概念的表征、指称、意义、真理性、实在论等问题的分析过程中,语义分析方法作为一种普遍的、具有时代特征的语义学方法论,在生物学哲学中的运用既是无法避开的,也是一种不可忽视的科学的研究方法。语义分析方法在科学哲学中运用的“中性”特点,使得其对科学实在论等传统问题的研究具有超越性。并且生物学理论表述的多元化特征使得语义分析方法的应用更具有灵活性。因此,本文使用语义分析的方法对分子生物学中遗传的载体——基因、遗传的机制——中心法则、遗传信息以及遗传的信息——遗传密码进行了系统的分析。尝试厘清这些概念的本质,以期对它们作为科学概念以及哲学概念的夯实与完善都有所意义。但是,需要明确的一点是,对任何概念的语义分析都无法离开其语形表征的前提,因为,没有语形表征的语义分析是没有意义的。而对任何概念语形表征的分析也都无法离开对其的语义分析,因为,没有语义分析的语形表征是空洞的。同时,对每一个概念语义分析的意义使用又无法离开语用的选择,即对每一个概念的语义分析都不能脱离对其社会语境的分析,因为,脱离了语用分析的语义分析就可能是狭隘的、不可通约的。因此,语形、语义以及语用这三者之间是一个有机的语境论的整体,无法割离。而文章在对基因、中心法则、遗传信息以及遗传密码这些概念的语义分析过程中,无论是自觉的或者不自觉的,都是建立在这三者统一的一个语境论的基础之上。本论文主要包括绪论、五章的系统论述以及结束语。其中绪论部分主要介绍了论文的研究目的和意义、国内外研究现状以及研究的主要内容等。第一章为“分子生物学中的语义分析”：1.1首先阐述了在分子生物学中语义分析兴起的背景,其中主要论述了生物学哲学兴起的背景,以及语义分析方法在科学哲学与生物学哲学中的应用传统；1.2论述了在分子生物学哲学中语义分析的本质特征以及意义,表明了分子生物学哲学中语义分析的本质应该是一种语境论的语义分析,并讨论了语义分析方法与分子生物学概念的指称确定、语义阐释、形式化构建、经验性验证、真理性、实在论等问题之间的关系。第二章为“基因的语义分析”：其中2.1在语境论的基础上分三个阶段分析了基因概念的语义变迁——古希腊时期、19世纪60年代后颗粒遗传学说提出到DNA双螺旋结构发现之间、DNA双螺旋结构发现之后至今,表明基因概念的语义变迁是依赖于特定的语境,隐喻的发生转移；2.2讨论了语境论视野下的基因本质,主要包括对大众科学下基因概念误区的分析、基因概念还原本质的分析以及基因概念的语境论解释；2.3论述基因理论发展过程中的隐喻机制,阐述了基因理论发展过程中的隐喻思维及其方法论功能。第三章为“中心法则的语义分析”：3.1阐述了中心法则形成的逻辑基础,主要包括理论基础(时代背景知识)与社会基础；3.2利用语义分析的方法,对作为科学理论的中心法则的语义变迁进行了分析,并指出这种变迁是在分子生物学纵向语境的不断变化中实现的。只有在特定的语境下对中心法则进行不同层面的语义解释,才不会导致其语义的局限性,在中心法则语义变迁的过程中充分体现了语境论的认识特征；3.3论述了中心法则对于现代生物学的哲学意义以及传统意义下分别作为科学理论与作为研究方法的中心法则的意义局限性,表明传统意义下作为科学理论的中心法则反映了一种还原论的思维,中心法则为还原论者研究基因组提供了一种方法论上的保障,然而这种自下而上的还原的研究策略带来的问题是研究的复杂度惊人；3.4结合计算机模拟,提出了一种自上而下的中心法则新的研究策略,试图对上面的困境给出一种解答。第四章为“遗传信息的语义分析”：4.1为信息概念的语义溯源,讨论了信息概念的产生以及之后对早期信息概念的挑战与辩护；4.2阐述了对信息概念持否定态度的学者对这一概念的几个诘问；4.3讨论了关于遗传信息的讨论中最主要的问题之一——基因是否具有信息?并表明,我们既不能忽略信息在经验事实上的使用,也不能过分强调信息的语义性质,而应该在语境论的基底上对其进行完整的理解；4.4使用语义上升和语义下降的方法对信息的概念进行了语境论的解释,并讨论了信息概念的部分语义性质；4.5讨论了基因与非基因系统中信息遗传的特征。第五章为“遗传密码的语义分析”：5.1为遗传密码的语义溯源,从遗传密码的提出开始,讨论了遗传密码发现的逻辑,并阐述了遗传密码的语义性质；5.2论述了遗传密码内涵与解释困境,并分析了不同的学者在不同的角度上对遗传密码理论作用的不同观点,而我们认为应该尽量避免这种非黑即白、非此即彼的思维方式,既不能完全否定遗传密码的理论作用,也不能过分滥用遗传密码的语义性质,而是应该在特定的语义边界下对其进行特定的语义解释,并解释了遗传密码的语境选择与意义。结束语对论文中提到的观点进行了总结,并概括性地指出了语义分析在分子生物学理论研究中的意义。