公司法中“公司章程另有规定的,从其规定”这种规范的存设有利于促进公司自治、提高交易效率,但也存在公司章程中“另有规定”条款的创制缺乏统一性的指引、公司章程所创制的条款之效力存在争议、司法裁判中没有统一的效力判断标准等问题。此类问题的深层次原因是公司章程“另有规定”的自治边界不明晰。公司章程自治边界的厘清可为章程自治条款的创制、涉章纠纷的司法裁判提供理论方面的指导。公司章程“另有规定”的自治边界可区分不同公司类型、章程的不同阶段、章程规定的不同内容进行类型化比较分析。一般而言,闭锁公司章程“另有规定”的自治空间大于公众公司的,初始章程“另有规定”的自治空间大于章程修正案的,公司章程“另有规定”内部事项的自治空间大于外部事项自治空间,公司中私法性事项“另有规定”的自治空间大于公法性事项的自治空间。公司章程“另有规定”规范应予以合理化适用。具体而言,公司章程中所创制的“另有规定”条款应有益于公司发展、符合公平原则、且要尽量周详严密,并不得违反法律强制性规定、不得助长股东压迫、不得剥夺股东固有权。法院在审查公司章程所创制的“另有规定”条款时,既要审慎干预,又要全面审查,从相关决议程序的合法性、章程内容的公平性、合目的性三个维度进行审查判断。