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本试验所用乌鳢自2012年9月至2013年11月，分别取自在河北省白洋淀，山东省平原县和湖南省洞庭湖三个地区，采集到野生群体（白洋淀、平原县和洞庭湖）乌鳢标本共计104尾，养殖群体（白洋淀和平原县）乌鳢标本共计64尾。经过总DNA提取、PCR扩增后共测序得到乌鳢线粒体控制区序列168条，在GenBank数据库中检索出乌鳢线粒体DNA全序列，与扩增获得的序列比对，确定乌鳢线粒体D-Loop区的起止位点，确定乌鳢线粒体D-Loop区序列全长为905-908bp，长度变异较小。识别了乌鳢线粒体D-Loop区的终止序列区、中央保守区和保守序列区，指出了终止相关序列的主体是TACAT与其反向互补序列ATGTA以及一系列保守序列（CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3）。本研究通过对白洋淀和平原县地区的乌鳢进行野生群体与养殖群体的对比试验，结果表明这两个地区的野生群体遗传多样性参数均低于养殖群体。其中白洋淀乌鳢的野生群体和养殖群体间表现出较大的遗传差异，为两个母系起源。平原县的野生和养殖群体则表现为差异较小，揭示了两群体间亲缘关系较近。乌鳢3个地理群体的遗传多样性表现为：洞庭湖群体>平原县群体>白洋淀群体，3个乌鳢野生群体间和群体内的核苷酸多样性均低于0.005，表现为核苷酸多样性较低的现象。其中白洋淀群体的相关遗传多样性参数最低，这表明在白洋淀野生群体内部的遗传多样性贫乏。3个群体内与群体间的平均遗传距离为0.00328，群体间的遗传距离在0.001-0.005之间，遗传距离较小，显示3个野生群体间亲缘关系较近。通过AMOVA分析，3个乌鳢野生群体的变异百分比：群体间的变异为31.91%，种内个体间的变异为68.09%，说明3个乌鳢群体绝大部分遗传变异发生在种内，并不是群体间。从系统发育来看，单倍型之间并没有按照单倍型所属群体的分类聚簇，系统发育树的端部分枝支持度相对较低，表现为不同群体个体相互交错形成复杂的簇群，其主要原因是分枝内部核苷酸分歧水平相对较低造成的，证明了乌鳢3个群体间的分化并不明显。Tajima’s D和Fu’s检测种群在进化过程中是否遵循中性进化模式，结果表明不同群体间以及单个群体的值均未达到显著水平。说明这3个野生群体并没有经过群体扩增和持续增长模式，并保持稳定的群体大小。