随着国家法制建设进程的加快,根据现代国家权力的分配和调整模式,在我国宪法中将行政权与司法权确立为相互平行的两项公权力,并将行政执法行为与刑事司法行为确立为两种性质不同的法律行为。前者的目的在于加强行政管理力度,及时发现和纠正行政管理中的违法行为,提高行政效率。后者的目的在于预防和惩治犯罪,保障公民的合法权益,追求司法公平,这样的架构确保了行政权与刑事司法权之间形成一种相互制约、相互促进的机制。但在现实中,以“以罚代刑”现象为代表的行政权对刑事司法权侵蚀问题却屡屡发生,这使得本应由刑法来调整和解决的问题通过行政手段解决。所以,在执法和司法的实践中,行政执法与刑事司法的衔接问题一直是困扰我国法律实践的一个难题。最近几年,随着中央及地方各级行政、司法机关一些行政规章、相关司法解释颁布实施,两者相衔接的制度性框架逐渐地建立和完善,但是相应的工作机制还不是那么完善,还存在着诸多问题,例如,相关学者或者法律规定对两者衔接机制的研究大部分还仅限于各占的领域,例如工商、税务、知识产权、医药等等,没有统一完善的、系统、高位地进行制度性的规范和相关研究,由于两者衔接的相关实体性法律和程序性法律规范的缺失,要从根源上处理好这些问题,真正建立行政执法与刑事司法衔接的长效机制还是一个系统的工程。对此,本文从行政执法与刑事司法衔接历史进程出发,探讨了行政执法与刑事司法衔接的理论基础,阐述了二者衔接中存在的问题并分析其原因,从而提出了从实体上和程序上的相应完善对策,试图探求切实解决二者衔接中出现问题的对策方案。行政执法与刑事执法相衔接的工作机制必须系统地、全面地加以思考和研究制定,否则必然会助长行政权力的肆意扩张,导致大量以罚代刑、有罪不究现象的发生,从而产生严重的社会危害性。只有正确认识行政执法与刑事司法的关系,同时,切实地赋予检察机关对行政权的法律监督,并改进、完善、细化各项配套实施的规章制度,才能真正实现行政执法与刑事执法的有效衔接,确保行政执法机关依法移送涉嫌犯罪案件,从而充分发挥两者调控社会关系的法律功能。