奶牛乳房炎是成年奶牛最常见的多发性疾病,可从自发病例中分离到多种细菌、真菌、支原体。但是,许多乳房炎的临床病例中,乳汁的细菌培养呈阴性。临床型奶牛乳房炎表现为乳腺肿胀、发热、疼痛或发硬;乳汁可能形成凝块,有时带有血液等。如今对于引起奶牛乳房的细菌的研究集中在大肠杆菌,金黄色葡萄球菌等,对于沙雷菌的研究是很少的,本研究针对广谱耐药的沙雷菌展开研究,采用了 OptiRead自动微生物鉴定及药敏分析系统和Ion torrent S5测序仪,通过全基因组测序,分析吉林省液化沙雷菌的基因表型与耐药表型的相关性。本课题在吉林省15个奶牛场采集300份临床奶牛乳房炎乳样进行细菌分离与革兰氏染色,然后使用OptiRead自动微生物鉴定及药敏分析系统进行鉴定及药敏试验,300份的乳样中分离到了 144株革兰氏阴性菌,其中18株为沙雷菌。然后,选择了 8类14种抗生素进行药敏试验,其中3株沙雷菌表现为完全耐药,其他沙雷菌也有不同程度的耐药情况,最少的也达到了对10种抗生素完全耐药。将完全耐药的3株沙雷菌进行核酸提取并构建了基因利用NGS测序,测序后经系统拼接得到3株液化沙雷菌的全基因组序列,分别将序列与耐药基因数据库CARD和ARG-ANNOT进行BLAST搜索,得到三株共有的耐药基因有strA,strB,AAC(3),blaTEM,分别代表了氨基糖苷类,β-内酰胺类;两株共有的耐药基因有Qnr,Su12,Cat,DfrA,MrX,控制基因分别为喹诺酮类,磺胺类,氯霉素类,二氨基嘧啶类,大环内酯类。通过二代测序及序列在耐药基因数据库CARD和ARG-ANNOT的筛选得到耐药基因种类及基因序列,将基因型与耐药表型的比较,为研究液化沙雷菌的耐药特性及寻找和发现新的耐药基因和耐药机制提供了科学依据,对减少细菌的耐药性,防止抗生素滥用,保障食品安全具有重要的社会效益。