高校的合并与重组，是20世纪末21世纪初，我国高等教育体制改革的重要举措，也是我国高等教育进一步发展的重要组织保证。学科是大学人才培养、科学研究、社会服务的基本阵地，是大学活动和组织管理的基础。学科的拥有量反映着一所大学占有知识的量，学科的水平反映着占有知识的质，大学学科的质与量从根本上反映着自身的办学水平与特色。作为传播、发展、应用知识之场所的大学，其基本活动必然围绕学科来进行。学科水平是一所大学在国内外地位的主要标志。所以合并后的高校无论是资产资源、人力资源、财务资源还是其它有形的、无形的资源的整合好坏，最终都要以是否与学科调整相匹配，学科整合成为合并高校的最终目标。 本论文从学科的角度出发，分析了当前高校合并过程中学科整合的现状与问题，通过对学科整合的理论探讨以及国外高校学科组织结构的实践分析，提出我国高校合并过程中学科整合的创新思路，通过对西南大学合并过程中的学科整合作了一个实证分析。 全文共分以下四个部分： 第一章厘清了关于学科、大学的学科和专业以及合并高校学科整合等相关的概念。 第二章分析了合并高校学科整合的背景认为新技术革命的到来，时代的发展，高校人才培养、科学研究的提高为学科的交叉与整合提供了理论上的依据。同时分析了西南大学的学科现状。 第三章指出西南大学在合并过程中。学科整合对学校的发展产生了积极的影响，产生了一些交叉学科，促进了学校的科研与学科快速发展：但同时，也存在一些问题有待进一步解决，所以本章分析了西南大学学科整合存在的共性和特性问题。 第四章针对发现的问题提出西南大学学科整合的合理化建议与对策。提出合并高校在学科整合过程中，学科文化融合是关键；学科组织结构创新是保障；合并高校学科组织管理方式的创新是重要因素；科学定位校区功能，实现资源的优化配置是助推器