2018年中央一号文件明确指出“三农问题”是关系国计民生的根本性问题,没有农业农村的现代化,就没有国家的现代化。众所周知,农业现代化发展的根本出路在于科技进步,而科技进步则是依靠农业科技资源的有效支撑。我国农业正处于加快改造传统农业并向现代化加速转变的关键阶段,而科学技术创新和农业科技资源配置的结构优化已然成为了农业发展的强劲驱动力。基于此,本文以农业科研机构为研究对象,基于复杂适应系统理论,采用核密度估计函数对农业科技资源投入结构的动态演变情况进行分析。通过构建农业科技资源优化配置模型,并运用MATLAB软件多目标遗传算法对农业科技资源优化配置进行求解,并对所得的结果进行分析。根据所得结论对今后农业科技财力的投入提出相应政策建议。本研究主要包括以下五个部分:第一部分,通过对农业科技资源投入、农业科技资源配置结构以及优化配置进行系统梳理,对相关概念进行界定从农业科技人力资源与财力资源阐述农业科技资源配置体系的基本概念框架。第二部分,对复杂适应系统的基本理论、核心思想、特性机制以及理论特点进行描述,并分析了农业科技资源系统的复杂性以及CAS特性。第三部分,对农业科技资源配置结构概况进行描述分析,基于种植业、畜牧业、渔业、农垦、农机化等行业,基础研究、试验发展、应用研究等阶段以及农学、林学、畜牧兽医科学、水产学学科的相关数据,运用基尼系数和核密度函数方法分析农业科技投入的地区差异以及分布动态演变规律。第四部分,基于复杂适应系统理论构建农业科技资源优化配置模型,对模型的初始化进行描述,确定模型中的约束条件,运用Eviews对模型的回归系数进行检验,确定建立农业科技资源优化配置模型的可行性后,对农业科技资源优化配置模型运用MATLAB软件中多目标遗传算法进行运算。第五部分,研究结果表明各主体间农业科技资源在财力方面的总体投入差异显著加剧。分析证明,加大对试验发展经费的投入并缩减对应用研究人员数量以及基础研究经费的投入,更有助于使农业科技产出达到最优。因此,在因地制宜地充分发掘优势资源的同时,可以通过提高农业科研人员学历水平和综合素质,从而快速建立区域农业特色优势。将各类农业科技资源进行有效整合以提高农业科技资源的配置效率和配置能力,从根本上解决农业科技资源配置问题。