随着我国事业单位改革的逐渐深入,军工科研事业单位也面临着摆脱计划经济的运营模式,利用自身特有的科研技术优势,向市场经营模式转变。这客观上要求军工科研事业单位必须完善内部控制体系,建立健全会计核算制度,降本增效,提高管理与业务水平,将自身技术优势转化为生产力,组织全员参与、各部门协同,积极投身到企业的发展与竞争中去。由于越来越多的参与到国民经济建设,资金的有效控制与安全使用,直接影响军工科研事业单位的可持续发展。由于受到长期的计划运营模式的影响,长期缺乏竞争压力,对内部控制与预算管理的不重视,使得内部控制体系不健全,预算管理没有真正起到计划、控制的作用,成本归集不合理,运营费用过大、内部控制不健全,阻碍了企业的健康发展。本文首先从分析笔者所在的军工科研事业单位实施内部控制和全面预算管理机制的必要性入手,将全面预算管理与内部控制体系建设有机的结合起来,通过绪论、案例分析、完善对策详细阐述全面预算管理与企业内部控制制度的联系,及全面预算管理在构建企业内部控制体系中的地位和作用。并列举多种真实的实践案例来多角度的论述如何通过全面预算管理完善企业的内部控制体系,利用全面预算管理这一管理控制方法,很直观的发映出企业内部控制体系建设中的缺点与不足,从而警醒企业及早发现问题,找出解决方法,完善企业内部制度。既使全面预算管理能够促进企业内部控制的有效实施；又使内部控制对全面预算管理风险与关键点实施有效控制,保证全面预算管理工作的质量。最后得出结论,军工事业单位在管理中必须加强内部控制,建立健全内部控制制度,完善财务信息化环境、发挥全面预算管理机制的作用,防范企业的运营风险,才能保证军工科研事业单位可持续发展的结论。