论文部分内容阅读
第一部分原发性肝细胞癌患者和健康对照者血清标本的收集目的：收集原发性肝癌患者及健康对照组血清标本,用于后续糖蛋白组学研究。研究方法：于2012年3月至2012年8月之间,在复旦大学附属中山医院消化科及介入科病房及门诊,收集患者及对照组的外周血标本,制备成血清保存。同时登记患者的个人基本信息及临床信息。结果：共收集到104份血清标本。包括肝癌患者及健康对照组血清各52例；男性共54例,女性共50例；标本制备成血清保存。同时设计并填写《个人基本信息表》和《个人临床信息表》。结论：本部分中规范收集了原发性肝癌及健康对照组的血清标本以及临床资料。完善的个人信息及临床资料有利于研究的后续验证工作。第二部分血清蛋白分离、富集及液相色谱-质谱联用技术(LC-MS/MS)分析目的：使用蛋白组学技术,分析肝癌患者及健康对照者血清标本中的糖蛋白。方法：血清标本经过去除高丰度蛋白、糖蛋白富集以及胰酶和糖苷酶酶解之后,使用LC-MS/MS对其进行分析。结果：本实验中高丰度蛋白的去除及糖蛋白富集效率较高,效果可靠。LC-MS/MS分析得到的谱图清晰,显示样本无污染。结论：本实验系统性地提供了一个定量鉴定血清糖蛋白及糖基化位点的方法,得到的质谱图可用于进一步的生物信息学分析,寻找两组之间差异表达的糖蛋白。第三部分原发性肝细胞癌患者与健康对照者血清差异糖蛋白组的生物信息学分析目的：寻找原发性肝癌患者及健康对照者血清差异表达的糖蛋白及糖基化位点。方法：将LC-MS/MS分析得到的数据在MaxQuant IPI数据库中搜索以鉴定糖蛋白和糖基化位点；将糖肽序列在CBS数据库进行糖基化位点预测,并与实际检测到的N-糖基化位点相比较,以明确实验的可靠性。对鉴定到的糖蛋白进行基因本体(GO)分析分析。结果：本部分中共鉴定出152个糖基化位点和54种糖蛋白。糖基化位点的数据库预测结果与实验结果基本相符,提示实验方法学可靠。54种蛋白中有10种蛋白的表达量在两组间有显著性差异,这些蛋白在既往文献中有报道与多种肿瘤的发生发展有关。GO分析显示了这些蛋白涉及的生物过程,细胞组分及分子功能。结论：差异表达的糖蛋白及糖基化位点有助于揭示肝癌的发生和发展机制。其中,差异表达的糖蛋白有可能成为肝癌的血清生物标记物。