制造业作为实体经济的基础对我国的经济增长有举足轻重的作用。经历了42年的经济体制改革工作，中国成为了“世界工厂”，中国制造业的产品经历了从模仿到创新的过程，制造业结构从低端转型升级到中高端，发展速度飞快。但在取得举世瞩目的成就背后还隐藏着许多问题：信贷歧视、要素市场配置不合理、自主创新能力低、产业结构不合理等等。这些深层次的问题阻碍了我国制造业生产率的进一步提高和制造业的整体发展。
　　信贷市场上的所有制歧视使得非国有企业的资金使用成本普遍高于国有企业的资金使用成本。为了抵消成本增加带来的不利影响，企业必须要想办法提高利润，通过创新活动提高生产率便是最有效的手段之一。另外信贷歧视引导更多的资金流向全要素生产率较低的国有企业，资源的误置会阻碍整体全要素生产率的提高。有鉴于此，本文结合我国制造业现状，使用微观层面数据，试图构建资本错配、企业创新及制造业企业全要素生产率的分析框架，实证检验资本错配、企业创新及两者配合对全要素生产率的影响和传导机制。以期对企业提高全要素生产率以及我国要素市场化改革提出建议，为下一步国有企业改革提供新的方向，并为推动我国制造业企业向创新驱动型企业转型提供依据。
　　本文结合了理论分析和实证分析，深入研究资本错配、企业创新对全要素生产率的影响。本文首先阐述基础理论，重点对资本错配、企业创新对全要素生产率的影响机制进行分析，为后面的实证研究打下坚实的基础。其次，通过测算出的企业层面全要素生产率，对比分析中国制造业上市公司中国有企业和非国有企业全要素生产率间的差异。再次，运用固定效应模型回归分析资本错配对全要素生产率的影响、资本错配对企业创新的影响以及资本错配和与企业创新对全要素生产率的影响。最后根据中介效应检验程序对企业创新是否在资本错配影响全要素生产率过程中起到中介作用进行检验。
　　基于本文样本的研究结果表明，第一，在上市制造业企业中，国有企业的资本错配程度明显低于非国有企业的资本错配程度；国有企业研发投入(企业创新)高于非国有企业研发投入。第二，在上市制造业企业中，资本错配会降低全要素生产率,国有企业资本错配对降低全要素生产率的作用大于非国有企业资本错配对降低全要素生产率的作用。整体资本错配对全要素生产率的降低作用更多源于国有企业资本错配对全要素生产率的降低作用。第三，在上市制造业企业中，研发投入(企业创新)会提高全要素生产率水平；国有企业研发投入对全要素生产率的提高程度小于非国有企业研发投入对全要素生产率的提高程度。整体企业研发投入对全要素生产率的提升作用更多源于非国有企业研发投入对全要素生产率的提升作用。第四，在上市制造业企业中，不论是制造业整体、国有企业还是非国有企业，研发投入在资本错配降低全要素生产率的传导过程中都起到了部分中介作用。第五，在上市制造业企业中，资本错配会降低企业研发投入。与非国有企业相比，国有企业资本错配对降低企业研发投入的影响更大。整体资本错配对企业研发投入的降低作用更多源于国有企业资本错配对企业研发投入的降低作用。第六，在上市制造业企业中，国有企业的全要素生产率低于非国有企的全要素生产率。
　　在此基础上本文提出的主要政策建议有以下几点：第一，优化经济增长方式，引导企业由要素拉动增长转为创新拉动增长。第二，发挥企业创新的作用，推动技术进步，提高全要素生产率。第三，加快要素市场化配置改革，减少政府干预，发挥市场配置作用，降低资本错配。第四，深化国企改革、发展民营经济，提高制造业整体生产率和活力。