随着创新驱动发展战略深入实施,我国科研管理改革纵深推进,科技创新实力稳步提升。把“双一流”建设高校真正建设成为我国智力资源和科技资源的聚集地,是提升我国科研创新竞争力不可或缺的关键步骤。在各类资源投入总量逐年增加的同时,各类科研创新产出并未能呈现出全面上升的态势。因此,建立有效的科研创新效率评价体系,并对“双一流”建设高校进行科研创新效率评价、投影分析及区域比较,对于为优化资源配置、提升科研创新效率提供实证依据和决策参考有着重要意义。本研究选取41所数据公开的“双一流”建设高校作为评价对象,基于其科研创新效率的截面数据和面板数据,遵循指标体系构建的系统性、典型性、科学性以及可量化性原则,筛选出14个投入原始变量及19个产出原始变量,利用主成分分析法、数据包络分析方法（DEA）进行科研创新效率评价,针对处于DEA有效状态的高校进行超效率DEA分析以确定其具体效率值,针对处于无效状态的高校进行投影分析,以确定其资源冗余及产出不足情况。最终,对东部、中部、西部以及东北地区的“双一流”建设高校进行区域比较,进而对我国“双一流”建设高校的资源配置现状以及科研创新效率进行系统评价。研究发现:（1）综合技术效率较低,科研管理能力较强。41所样本高校中,仅有13所高校处于DEA有效状态,各高校综合技术效率值在0.57-0.97之间波动,全样本平均值为0.841。20所高校纯技术效率值为1,全样本平均值达到0.91,样本高校的科研创新能力较强,相关管理制度较为完善。（2）各类资源存在冗余,规模收益递减严重。处于无效状态的高校中,23.81%的高校存在人力资源冗余,52.83%的高校有经费浪费的问题,13所高校存在科研平台建设中的过度投入。仅有2所高校处于规模收益递增状态,其他高校不宜进一步扩大投入产出规模,即扩大投入规模并非提高效率的有效途径。（3）科创产出区域失衡,投入结构有待优化。东部地区科研创新产出领跑各区域,在19项科研创新产出指标中,有11项指标领先于其他区域,在论文被引频次、地方级学术会议方面的产出量均达到了东北部及西部地区的7倍以上。东部和中部地区高校的人才总量、经费投入及科研课题等方面均比其他地区略高。西部地区相较于其他地区的资源投入平均差距达到46%。（4）效率区域差异显著,东部领跑西部赶超。DEA有效的13所高校中,有7所位于东部地区。东北地区的DEA有效样本比例最高,达到50%。纯技术效率方面:东北部地区的“双一流”建设高校纯技术效率平均值达到了0.99,接近于有效水平。结合上述结论,提出如下建议:教育评价“破五唯”,完善学术评价体系;整合利用优势资源,改良资源分配方式;科研项目分类管理,深化管理体制改革;完善院校布局结构,整合利用各类资源。进而使“双一流”建设高校在规模适当、结构合理、制度完善、理念先进的科研创新活动中,培养一流人才、建设一流队伍、产出一流成果,抢占科技创新制高点。