【摘 要】
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目的:肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)的恶性程度高、病死率高,给社会带来了极大的负担。多项研究表明,基因的异常表达或突变、信号通路的异常激活或抑制、表观遗传修饰的改变等与HCC的发生发展密切相关。本文旨在通过生信分析和基础实验,筛选和鉴定与HCC预后相关的枢纽基因,并探索目标基因THRSP影响HCC进展的潜在分子机制。方法:(1)基于GEO和TCGA数据库,使用
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目的:肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)的恶性程度高、病死率高,给社会带来了极大的负担。多项研究表明,基因的异常表达或突变、信号通路的异常激活或抑制、表观遗传修饰的改变等与HCC的发生发展密切相关。本文旨在通过生信分析和基础实验,筛选和鉴定与HCC预后相关的枢纽基因,并探索目标基因THRSP影响HCC进展的潜在分子机制。方法:(1)基于GEO和TCGA数据库,使用R语言对HCC患者的基因表达数据进行差异表达分析和加权基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA),筛选在HCC组织和正常组织中差异共表达的基因。(2)通过STRING数据库对筛选出的差异共表达基因进行PPI网络图的构建,然后使用Cytoscape分析软件鉴定出枢纽基因。(3)利用GEPIA2网站分析关键基因在HCC肿瘤和正常组织的表达;利用R语言绘制Kaplan-Meier生存曲线,鉴定出具有生存意义的关键基因(P<0.05)。(4)通过Spearman相关性分析探索目标基因的m RNA表达与其甲基化水平的关系;使用卡方检验探索目标基因的表达水平或甲基化水平与HCC患者临床性状的相关性;采用Wilcox检验验证THRSP的表达及甲基化水平在各临床性状的不同分组之间的差异性。(5)通过TIMER网站评估目标基因的表达与肝细胞癌免疫浸润程度之间的关系。(6)通过q RT-PCR实验检测目标基因在肝癌组织与正常癌旁组织的表达,以及在肝癌细胞系(HCCLM3、HUH-7)与正常细胞系(LO2)的表达。(7)通过Transwell小室实验和伤口愈合实验,探究沉默目标基因对HCC细胞迁移和侵袭的影响。结果:(1)6个关键基因(LCAT、ACSM3、IGF1、SRD5A2、THRSP、ACADS)的m RNA表达水平与HCC患者的总体存活率(overall survival,OS)呈显著正相关。(2)THRSP的表达与其甲基化水平呈显著负相关。THRSP的表达水平在老年、有肝癌家族史、白种人、肿瘤较高分化患者中显著升高,在青年、无肝癌家族史、亚洲人、肿瘤较低分化患者中显著降低;THRSP的甲基化水平在青年、无肝癌家族史、女性、亚洲人、肿瘤较低分化患者中显著升高,在老年、有肝癌家族史、男性、白种人、肿瘤较高分化患者中显著降低。(3)THRSP的表达与B细胞、CD4+T细胞、树突状细胞的浸润水平呈显著负相关,与CD8+T细胞的浸润水平呈正相关,与巨噬细胞、中性粒细胞的浸润水平无相关性。(4)体外实验证实,THRSP在肝细胞癌组织及肝癌细胞系(HCCLM3、HUH-7)中低表达,沉默THRSP可促进HCC肿瘤细胞的侵袭和迁移。结论:通过生信分析,本研究共鉴定出6个与HCC预后相关的关键基因,其中THRSP作为一个新发现的生物标志物,有很大潜力成为HCC的预后因子和治疗靶点。
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