农村水环境治理问题一直受到我国社会各界的强烈关注,目前我国农村人居环境总体质量水平还不是很高,农村生活污水排放量较多,而与之相对的污水处理设施较少,造成了农村生态环境的污染及水质下降的局面,影响着广大农村居民的福祉及群众健康。新疆位于我国西北地区,水资源短缺、污水污染等问题亟需解决,2020年在实现贫困县“清零”后,为响应国家巩固脱贫攻坚成果,建设农业农村现代化、改善农村人居环境的号召自治区贯彻党中央的决策部署,出台相关规划,全方位开展农村人居环境的整治工作,此项举措受到了各级政府与农村居民的高度重视。中央每年拨付大量的资金加大对农村水环境的综合整治,使得南疆很多地区相继开展了大量污水处理项目。为了确保下拨至具体项目中的资金能够发挥其应有的效益以及各项目的有效开展与落实,审计机关也展开了相应的绩效审计工作,对项目及适配资金进行科学地评价与监督,充分发挥审计的职能。基于此背景,本文在阅读、整理并归纳大量关于财政专项资金、环境绩效审计的文献后,将绩效审计“5E”理论、公共受托环境责任理论以及可持续发展理论作为主要理论基础。以新疆和田地区G县开展的污水处理项目为案例研究的主体,对其背景及现状进行介绍,经过全面分析和梳理旨在发现A区审计局在进行G县污水处理项目绩效审计的过程中出现的问题,主要有现有指标较少,难以达到绩效审计的目的;绩效评价指标缺乏细化和具体性;缺乏对项目可持续性影响因素的考量;未考虑项目带来的间接经济效益;审计建议缺乏针对性,可操作性不强;对整改情况缺乏关注,未开展后续跟踪审计。在发现问题并深入分析产生问题的原因后,有针对性的提出相应的优化建议,具体可以通过优化并且完善污水处理项目的绩效评价指标体系;加强审计人员对于各项法规政策等评价标准的深入学习、提高对可持续性影响因素的关注度、加强对绩效审计人才的培养、组织开展项目的学习培训工作、强化项目后续跟踪审计等,为以后开展此类污水处理项目绩效审计提供审计经验。通过对G县污水处理项目绩效审计的案例进行分析可以发现,目前在开展绩效审计的过程中,还是存在一些固有缺陷,审计人员在建立绩效审计评价体系时应从多方位进行考量,提高对类似污水处理项目绩效审计的重视程度,为以后能顺利开展绩效审计项目提供理论依据。