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鹿是世界上的珍稀动物,具有很高的经济价值和观赏价值,被我国列为一类保护动物。鹿鞭、鹿胎、鹿骨、鹿尾、鹿血、鹿筋等是我国名贵药材,具有极高的药用价值,尤其鹿茸更是享誉国内外的名贵保健品。目前认为经济价值较高的有梅花鹿和马鹿。我国是鹿类资源较丰富的国家,天山马鹿、塔里木马鹿、东北马鹿等都是最优良的鹿种。新疆的马鹿种源在我国是最丰富的,因此开展新疆马鹿的遗传育种工作尤为重要。本文利用5个微卫星遗传标记,采用PCR扩增,12%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、Sanguinetti银染法显色,对新疆的三个马鹿亚种(9个群体)遗传多样性进行了检测,统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数(E)和平均基因纯合率(Rh),根据等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离,利用分子进化遗传分析软件(Molecular Evolutionary Genetics Analysis,MEGA ),采用邻结法(Neighbor-joining method, NJ)重建系统发生树。同时根据等位基因频率,利用PHYLIP (3.6)分析软件,采用最大似然法(Maximum Likelihood, ML)构建系统发生树,应用自举检验(bootstrap test)估计系统树中结点的自引导值(bootstrap value),并进行了系统发生分析。同时对塔里木马鹿35团群体,微卫星分子遗传标记马鹿个体基因型与产茸量之间的相关关系进行了分析,结果表明:5个微卫星位点在三个马鹿亚种中的多态信息含量除BM5004为中度多态外,其它4个微卫星均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于三个马鹿亚种遗传多样性和系统发生关系的分析。所有马鹿群体的平均PIC为(0.5393)、h(0.5736)和E(2.64),其基因多态性和遗传多样性相对丰富。相比其它群体而言,奇台野生马鹿的遗传多样性偏低,基因纯和率较高。9个马鹿群体聚为不同的两大类,其中一类又分为两类,各马鹿群体的分子系统发生关系与其来源、育成史及地理分布基本一致。通过对塔里木马鹿个体基因型与产茸量之间的相关关系分析,发现BM888位点可以对塔里木马鹿的产茸量进行分子遗传标记。