我国的深海网箱养殖处于高速发展期,卵形鲳鲹（Trachinotus ovatus）是我国南方深水网箱养殖中的重要品种。近年来由于养殖密度超过海域的环境容纳量,导致海区环境不断恶化,再加上养殖管理的不合理,随之而来的病害逐渐增多。链球菌病是其中最常见且威胁最大的病害之一,具有高传染性、高致病性等特点,带来的损失难以忽视,同时也影响了养殖鱼类的正常生长。本文在2021年5月到12月对湛江特呈岛深水养殖海域的3个养殖区（南区、西区和1区）分别布点采样,测定了与养殖过程较为密切的几种水质理化因子（水温、pH、盐度、溶解氧、化学需氧量、活性磷酸盐、总磷、氨氮、硝酸盐、亚硝酸盐、总氮、叶绿素a）,了解特呈岛养殖海区海水状况,分析它们的动态变化及相关性,探究卵形鲳鲹的链球菌感染率与养殖海域水质的关联;利用16s rRNA高通量测序全面分析特呈岛养殖海域微生物多样性、群落结构组成及动态变化,并对北部湾养殖区出现的链球菌病原进行了分离鉴定和分子分型。相关实验结果如下:1.依据《海洋监测规范》GB 17378.4/7-2007和《海洋调查规范》GB/T 12763.4-2007对特呈岛深水网箱养殖海域的水质因子进行了测定,结果显示:养殖海域平均水温28.23℃,pH平均值7.91,盐度平均值为36.42,溶解氧平均值为6.53 mg/L,亚硝酸盐平均值为0.0237μmol/dm~3,硝酸盐平均值为6.45μmol/dm~3,叶绿素a含量平均值为5.15μg/L,总氮平均值是27.05μmol/dm~3,总磷平均值是2.945μmol/dm~3,氨氮含量平均值为0.081 mg/L,化学需氧量平均值为2.04 mg/L,活性磷酸盐含量平均值为0.044μmol/dm~3,水温、pH、亚硝酸盐、叶绿素a、化学需氧量在网箱内与对照海区指标结果接近,其他指标则有明显区别。养殖网箱内卵形鲳鲹链球菌感染率与水质理化因子具有一定的相关性,感染率与水温、氨氮和叶绿素a成正相关,与溶解氧、盐度成负相关;对照海区水温与总磷成显著正相关,与溶解氧、硝酸盐、盐度呈显著负相关,溶解氧与活性磷酸盐、盐度成显著正相关,氨氮与叶绿素a是显著正相关关系。2.从3个养殖区分别收集水样和鱼组织样品,提取总DNA后,利用Illumina高通量测序技术分析微生物的时空分布、多样性及结构,结果表明养殖海水相较于采样鱼组织更稳定,变形菌门是主要优势门,属水平优势物种随时间变化有差异,海水内和组织内菌群丰富程度最高的时间分别是9月和5月;海水中温度、pH、溶解氧、化学需氧量和叶绿素a均是影响群落结构的相关因素,组织中表现极显著相关性的只有溶解氧和叶绿素a这两个指标,而总磷和总氮对微生物群落贡献极少;叶绿素a和溶解氧是解释环境中细菌组成结构的最合适的因素,其中叶绿素a是最为主要的影响因素。本实验有助于了解特呈岛深水网箱养殖海区海水内部变化特征,丰富了对深水网箱养殖海水微生物的研究。3.在整个养殖周期中链球菌感染率排名前三的时间分别是7月末、9月中和7月中旬,共分离到链球菌共216株,经鉴定海豚链球菌（Streptococcus iniae）144株、格氏乳球菌（Lactococcus garvieae）41株、无乳链球菌（Streptococcus agalactiae）26株和停乳链球菌（Streptococcus dysgalactiae）5株。4种链球菌均是革兰氏阳性菌,表现为链状但大小不同,生理生化结果与参考菌株相近,系统发育树分析4种链球菌分离株均与它们对应的链球菌聚为一支;筛选出9株来自不同地方毒力较强的菌株,对卵形鲳鲹的半数致死量可分辨病原菌毒力,分离自乌石的海豚链球菌株毒力强(LD50=6.68×10~5CFU/mL),分离自特呈岛的无乳链球菌分离株较强(LD50=3.35×10~5 CFU/mL),格氏乳球菌的分离株半数致死量相近,LD50分别为1.69×10~6和1.19×10~6 CFU/mL;卵形鲳鲹患4种链球菌的临床和病理表现不尽相同,但基鳍出血、眼膜发炎、尾部红疮、组织发炎出血、淋巴细胞浸润较为普遍;针对海豚链球菌的分子分型发现有5种基因型,且毒力强的菌株对应的分型属于优势流行基因型;药物敏感实验结果显示,不同的链球菌对抗生素有不同的敏感性,但是分离病原菌都对恩诺沙星、头孢曲松、头孢吡肟、氯霉素、哌拉西林和头孢唑林极为敏感,产生耐药的较少。