线粒体是动物体内的重要细胞器，使用了三种方法提取缢蛏和三角帆蚌的线粒体基因组，分别为：碱变性法、蛋白酶K法、高盐沉淀法。通过这三种方法的比较，得出提取缢蛏和三角帆蚌线粒体基因组的最好方法是高盐沉淀法，高盐沉淀法提取线粒体基因组有操作简单、重复性强等优点，可不受实验室环境条件的制约。 长PCR可以扩增出5～42KB的大片段并且具有高保真性的特点，使得它可被应用于扩增线粒体基因组。分别用两种扩增不同长度的长PCR的方法，获取了缢蛏和三角帆蚌的线粒体全基因组。缢蛏的扩增方法为：根据两段间隔基因设计引物扩增得到两段长PCR大片段，三角帆蚌的扩增方法为：根据一段基因设计引物扩增得到几乎整个线粒体的长PCR大片段。这两种方法的使用均可使在目的条件未知的情况下也可将目的片段扩增出来，为目的片段的扩增提供了依据。 缢蛏线粒体基因组经测序拼接后，与已知的基因组进行序列比对，确定了各个基因的位置和大小。缢蛏线粒体基因组已上传到Gen Bank，序列号码为NC_011075。线粒体基因组的特点为：总长为17225bp，所有基因都是从一条链读出的。缢蛏线粒体基因组中也没有发现ATP8基因，这与Mytilus Edulis和Crassostrea Virginica的基因组特点一致。缢蛏线粒体基因组中只找到了19个tRNA，缺失了trnE，trnw和trnS2。缢蛏线粒体基因组的A+T含量为67.0％，这个含量值在其他无脊椎动物线粒体基因组的含量里面属于较高值。缢蛏线粒体基因组排列顺序与其他已知的软体动物差异很大。 三角帆蚌线粒体基因组经测序拼接后，与已知的基因组进行序列比对，确定了各个基因的位置和大小。三角帆蚌线粒体基因组已上传到GenBank，序列号码为NC_011763。三角帆蚌线粒体基因组的特点为：长度为15954bp，包含了13个蛋白编码基因、22个tRNA、2个rRNA，这些个基因与其他的后生动物一致。除nad2和nad3之外的其他蛋白编码基因，除A，S2，E之外的tRNA以及2个rRNA，它们的排列顺序与北美洲淡水蚌Lampsilis ornata的线粒体基因纽排列顺序一致。对从GenBank上下载的14种双壳纲（bivalvia）的软体动物的线粒体基因组序列进行系统发生分析。表明了缢蛏和三角帆蚌与其他14中双壳纲软体动物的进化关系：缢蛏（Sinonovacula constricta）与菲律宾蛤仔（Venrupis（Ruditapes）philippinarum）亲缘关系较近，三角帆蚌（Hyriopsis cumingii）与Lampsilis ornata亲缘关系较近。缢蛏与三角帆蚌分属于不同亚纲，亲缘关系较远。