紫草科植物根部合成的红色萘醌类次生代谢产物—紫草宁及其衍生物不仅是一种天然的染料，而且具有多种药用价值，如抗菌、抗肿瘤、抗生育及抑制HIV病毒等。光对紫草宁合成的特殊的负调控作用，特别是不同波长的光信号的不同调控效应，使得紫草细胞可以作为研究光信号对基因表达调控的一个良好体系。而差异蛋白质组学研究将为两个或更多不同实验处理的实验样本提供详尽的、系统的功能机制信息。研究不同光信号下的紫草蛋白质组学将有助于更深入、更全面地了解紫草的光信号转导机制和紫草宁合成的代谢调控机制，并对其他植物次生代谢产物的代谢工程提供借鉴作用。 本研究应用差异蛋白质组学技术研究了不同光信号下滇紫草培养细胞YNl2的蛋白质差异表达谱。将滇紫草YN12细胞株置于M9培养液中，分别在不同光信号下(黑暗、红光、蓝光和白光)处理十天，提取紫草细胞总蛋白，通过双向电泳技术进行分离，研究不同光信号下蛋白质的表达谱变化。在IPG 4-7凝胶中可重复地分离检测到900多个蛋白质点，并对得到的蛋白质图谱通过Image Master2D Elite 5.0软件包进行蛋白点的检测、配比和差异分析等。结果表明，90个差异较明显的蛋白质点经基质辅助激光解吸附/电离飞行时间法(matrix assistedlaser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry，MALDI-TOF/MS)鉴定，除8个未知功能的蛋白质和55个蛋白质点在目前的蛋白质数据库中没有与之匹配外，可根据所得到的PMF与数据库中与已鉴定的蛋白质序列的相似性推定出另外的24个蛋白质点的功能，分析表明，这些已初步鉴定的差异蛋白质大部分参与了抗病、抗氧化等逆境胁迫、信号转导、分子伴侣活性、基因转录调节、蛋白降解、物质转运和基础代谢等过程。在32个可鉴定蛋白点中，9个是黑暗上调蛋白质点，其中包括2个新诱导蛋白质点；16个是黑暗下调蛋白质点；7个蛋白点在黑暗和白光下表达量无差异。蛋白点1、16、18与数据库中已得到的紫草蛋白序列同源性很高，分别为PR1、LEDI3、LEDI5蛋白。另外，55个在数据库中无匹配蛋白的差异蛋白质点中，很可能包括一些重要的与紫草宁次生代谢调控相关的新蛋白，在未来的研究中运用串联质谱等技术做进一步的结构和功能分析，将会为深入揭示光信号调控的紫草宁合成的分子机制提供更多的依据。