反恐侦查需要扩大侦查机关的权力，维护国家安全，但同时也要对其进行一定的限制，保护公民的基本人权，这已成为国际的潮流。我国面临内忧外患，首要任务是改变现状，将反恐侦查程序司法化，纳入到刑事诉讼法中。在刑事诉讼法中明确规定，坚持国家安全、集体人权、实质正义优先，同时兼顾个体人权和程序正义，明确规定反恐侦查措施的种类、对象、期限、效力、审批程序、司法审查机制，明确规定人权保障的制度。最新《刑事诉讼法》对反恐侦查措施进行了规定，但是受限于当前的条件和配套制度的不完善，一步到位肯定是不可能的，需要在改变司法理念、完善相关制度的同时逐渐的构建起我国的反恐侦查程序，最后构建完善的反恐诉讼程序，将打击恐怖主义犯罪完全的纳入法治轨道。本文共分为六部分。第一部分绪论首先从实体层面对恐怖主义犯罪进行了简单的概述，从国际、区域、国家三个方面对恐怖主义犯罪的定义进行了列举；然后以国外国内两个视角审视了目前针对恐怖主义犯罪的立法现状。之后针对目前学界对恐怖主义犯罪侦查程序的研究现状做了阐述和分析，对本文的研究范围、内容和意义做了界定。正文第一章以美国、德国反恐侦查程序的设计为例，用比较法阐述当今世界反恐侦查的趋势，并且比较二者的相同与差异，分析其原因，为我国反恐侦查程序的设计提供强有力的制度支撑。第二章从理论角度阐述了反恐侦查程序制度设计中所涉及到的价值冲突，这种价值之间的冲突和取舍才是真正决定如何设计一国反恐侦查程序的根本。在此章中，首先指出了价值间的矛盾，然后试图对这些矛盾进行调和，以选择出最优的价值关系。第三章回到中国实际，研究外国制度、分析理论价值皆是为了我国反恐侦查程序的设计。这一章中首先阐述我国反恐及立法现状，重点阐述最新刑诉法中对反恐侦查程序的规定，评价其进步与弊端，最后指出在我国构建完善反恐侦查程序的困难。第四章笔者试图为我国构建较为完善的反恐侦查程序，从价值选择、侦查主体、侦查措施、人权保障四方面分别构建。当然构建完善的反恐侦查程序需要一个缓慢的过程，也需要随反恐形势不断的变化。最后是文章的结语，指出我国的国家性质不同于西方国家，其坚持的价值理念、文化传统也相区别于西方国家，当前所面临的反恐形势也不同，因此，在反恐侦查程序的设计上，在学习西方先进理念、制度的同时，更重要的是构建适合本国国情的反恐侦查程序，不可盲目照搬西方一切理念，平衡好国家安全与基本人权的关系。