目的：探讨预测口腔癌淋巴结转移的新型分子标记物。　　方法：选取8例口腔鳞状细胞癌新鲜组织标本，分为淋巴结转移阳性组（M组）4例和阴性组（N组）4例，分组混合，形成1对标本；采用双向凝胶电泳技术（two-dimensional gel electrophoresis，2-DE）分离两组的差异蛋白点，基质辅助激光解吸电离串联飞行时间质谱（MALDI-TOF-TOF MS）鉴定差异蛋白，并对质谱鉴定出的蛋白质进行生物信息学分析。　　结果：采用双向凝胶电泳技术分离两组的差异蛋白点，共获得39个差异蛋白点，其中包含27个上调蛋白位点和12个下调蛋白位点，进行MADLDI-TOF-TOF MS鉴定，通过差异比率、蛋白质通路以及互作蛋白质等综合分析，筛选出9个显著差异表达蛋白质，其中上调蛋白质6个，下调蛋白质3个。　　结论：①运用2-DE结合MALDI-TOF-TOF MS对淋巴结转移阳性组和阴性组进行差异分析。得到了39个差异蛋白点，其中包含27个上调蛋白位点和12个下调蛋白位点，通过综合分析，筛选出9个显著差异表达蛋白，其中上调蛋白质6个，下调蛋白质3个；②通过Swiss-prot蛋白库的注释信息对得到鉴定的9种淋巴结转移相关蛋白质进行生物学分析,提示这些蛋白质分布于多种通路参与细胞增殖、分化、凋亡、转录、粘附、血管形成、以及蛋白质翻译、合成、加工、修饰等功能；③口腔癌的淋巴结转移是一个多因素、多步骤、多种细胞功能异常所导致的复杂病理过程，这些差异蛋白质可以在蛋白质通路以及互作蛋白质关系角度筛选更敏感的蛋白质，制作蛋白质芯片，引用于临床，对口腔癌淋巴结转移的预测具有重要意义，对口腔癌淋巴结转移敏感因子的探索，提供新的线索和依据。