【摘 要】
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目的利用生物信息学探索结肠癌KRAS突变型和野生型差异基因的表达,分析REG4在结肠癌组织及癌旁正常组织中的差异表达情况,并探讨REG4与患者临床病理特征及预后的关系。方法通过GEO数据库下载结肠癌基因芯片数据库,利用GEO2R筛选差异表达基因,利用UALCAN数据库和GEPIA数据库分别验证候选基因的差异表达和预后,确定候选基因REG4。通过STRING数据库分析REG4相关蛋白和通路。收集20
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目的利用生物信息学探索结肠癌KRAS突变型和野生型差异基因的表达,分析REG4在结肠癌组织及癌旁正常组织中的差异表达情况,并探讨REG4与患者临床病理特征及预后的关系。方法通过GEO数据库下载结肠癌基因芯片数据库,利用GEO2R筛选差异表达基因,利用UALCAN数据库和GEPIA数据库分别验证候选基因的差异表达和预后,确定候选基因REG4。通过STRING数据库分析REG4相关蛋白和通路。收集2015年1月至2016年2月于本院手术的94例结肠癌患者的临床病理资料及术后石蜡标本（癌组织及癌旁正常组织）,制作组织芯片,免疫组化方法检测结肠癌组织与癌旁正常组织的REG4表达情况,探讨REG4差异表达与患者临床病理特征及术后5年生存率的关系。结果1、由GEO数据库分析结肠癌相关芯片数据集GSE39582,对KRAS突变型（MUT n=217）和野生型（WT n=328）的结肠癌组织基因进行差异基因分析,共得出54675条结果,其中23605个基因表达上调,31160个基因表达下调;共筛选出包括REG4在内的6个结肠癌KRAS突变相关的差异基因,确定REG4为候选基因。2、利用UALCAN数据库进行TCGA在线分析,结果显示:结肠癌组织中REG4表达显著低于癌旁正常组织,差异具有统计学意义(P=1.27e-8)。3、利用GEPIA数据库分析显示,REG4高表达组结肠癌患者总生存率显著高于低表达组,差异具有统计学意义（P=0.038,HR=0.6）。4、UALCAN数据库显示,REG4在不同结肠癌病理类型中的表达水平存在一定的差异,其中结肠粘液腺癌组织中的REG4表达显著上调,腺癌组织中明显下调,差异具有统计学意义(P=3.57e-4,P=4.36e-5)。5、组织芯片免疫组化结果显示,结肠癌组织REG4蛋白表达较癌旁正常组织表达水平低,差异具有统计学意义（P=0.000）。6、Kaplan-Meier生存分析显示,REG4高表达组结肠癌患者术后5年总生存率高于REG4低表达组,差异具有统计学意义（Log-rank?2=5.470,P=0.019）。REG4表达水平越高,结肠癌术后5年生存率越高。7、COX风险回归模型分析显示,REG4表达是结肠癌潜在的独立预后因素（P=0.026,HR=0.482,95%CI:0.257～0.905）。结论1、利用GEO数据库并通过UALCAN及GEPIA数据库筛选出结肠癌差异表达和预后相关的候选基因REG4。2、运用蛋白网络互作分析显示REG4通过泛素依赖因子、EGFR等信号通路参与结肠癌的发生发展。3、REG4在结肠癌组织中表达水平显著低于癌旁正常组织,且与病理分级及年龄有关;4、REG4高表达与结肠癌患者的预后良好相关,是结肠癌潜在的预后因素。
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