TRIT1、MYCL1、MFSD2A基因区域单核苷酸多态性与胃癌发生发展的关系

来源 :福建医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:skljgsdklj
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TRIT1、MYCL1、MFSD2A是位于染色体1p34.2上的三个相邻基因,本课题组前期研究和已有的文献报道表明这三个基因中均存在着影响肿瘤发生发展的单核苷酸多态性位点(SNPs),提示它们可能是肿瘤候选易感基因。  本课题采用以医院为基础的病例-对照研究方法。在福建汉族人群中,收集610例胃癌患者的癌旁正常胃粘膜组织和608例健康对照者的空腹外周静脉血,试剂盒抽提组织和血液基因组DNA,测DNA质量和浓度并稀释分装保存;选择TRIT1、MYCL1、MFSD2A基因及其上下游20kb范围内的片段作为研究的目的片段(locus:40,286,708-40,455,638),登录HapMap数据库,下载保存中国北京汉族人在该目的片段内的基因分型数据(数据来源:HapMap Data REL27/phase II+IIIon NCBI B36 assembly,dbSNPb126),导入Haploview软件,按照r2>0.8,较小等位基因频率MAF>0.05的标准选择标签SNP(tSNP)。最终共选择19个tSNP,利用sequenom基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术进行基因分型。结合研究人群的人口学资料和临床病理资料,对分型数据进行单位点、单倍型和位点互作分析并评价TRIT1、MYCL1、MFSD2A区域单核苷酸多态性与胃癌发生发展的关系。  结果:  (注:rs16826649严重偏离Hardy-Weinberg平衡,被剔除出后续的分析)。  1.单位点分析  1.1 TRIT1基因区域  ①携带SNP rs6600301 CA基因型的肠型胃癌患者发生淋巴结转移的风险显著增加(校正OR=1.718,95%CI=1.095-2.696,P=0.019)。  ②SNP rs2172362 CT基因型显著增加胃癌患者发生非贲门癌的风险(校正 OR=1.709,95%CI=1.157-2.525,P=0.007)。  ③携带SNP rs230310 CT基因型的患者发生非贲门癌的风险显著增加(校正OR=1.670,95%CI=1.166-2.392,P=0.005),但发生淋巴结转移的风险降低(校正OR=0.688,95%CI=0.481-0.985,P=0.041),在肠型胃癌中这种降低效应更加明显(校正OR=0.586,95%CI=0.399-0.932,P=0.022)。  ④SNP rs11581557 GG基因型对男性群体发生胃癌有保护作用(校正OR=0.578,95%CI=0.371-0.901,P=0.016),而TG基因型则显著增加胃癌患者的淋巴结转移风险(校正OR=1.637,95%CI=1.127-2.377,P=0.01)。  ⑤SNP rs1999573、rs11576724、rs761164与胃癌发生发展未见阳性关联。  1.2 MYCL1基因区域  ①SNP rs3134615(位于3’UTR)的等位基因频率在病例组和对照组分布有显著差异(0.025 vs0.047,P=0.0035)。  ②SNP rs3134613、rs7548524、rs3103780与胃癌发生发展未见阳性关联。  1.3 MFSD2A基因区域  ① SNP rs4233508(位于启动子区)CC基因型增加了胃癌患病风险(校正OR=1.354,95%CI=1.038-1.766,P=0.026),在60岁以下人群中这种风险效应更加显著(校正OR=1.741,95%CI=1.196-2.534,P=0.004),此外,CC基因型也增加了发生贲门部胃癌和中或高分化肠型胃癌的风险(校正 OR=1.511,95%CI=1.042-2.192,P=0.029;校正 OR=1.495,95%CI=1.081-2.067,P=0.015);TC基因型则对60岁以下人群发生胃癌有保护作用(校正 OR=0.671,95%CI=0.492-0.914,P=0.011)。  ②SNP rs11207227TT基因型显著增加60岁以下人群患癌风险(校正OR=1.637,95%CI=1.087-2.464,P=0.018)。  ③携带SNP rs12083239 GC基因型患者更易于发生弥漫型胃癌(校正OR=1.738,95%CI=1.117-2.703,P=0.014)。  ④rs6676052、rs3103778、rs12072696、rs10889095与胃癌发生发展未见阳性关联。  2.单倍型分析  将对照组数据导入Haploview软件,构建了5个单倍域(block),采用PHASE软件推算每个单倍域内的单倍型以及二倍型频率并进行相关分析。  ①Block2包含rs2172362,rs230310,rs11581557,rs761164,其中一单倍型“CCGT”显著增加胃癌淋巴结转移风险(校正OR=1.913,95%CI=1.366-2.708,P=0.000),在肠型胃癌中这种效应虽有所减弱,但依然存在(校正OR=1.535,95%CI=1.070-2.193,P=0.024)。  ②Block3包含rs3134613和rs7548524,其中一单倍型“TG”显著降低罹患胃癌的风险(校正OR=0.641,95%CI=0.446-0.923,P=0.017),在男性群体中这种保护效应有所增强(校正OR=0.579,95%CI=0.374-0.895,P=0.014)。  ③Block5包含rs11207227和rs12072696,其中一单倍型“CC”显著增加罹患贲门癌的风险(校正OR=1.65,95%CI=1.135-2.394,P=0.010)。  ④Block1包含rs1999573,rs11576724,rs6600301,block4包含rs4233508,rs6676052,rs3103778,它们中的单倍型与胃癌发生发展未见阳性关联。  ⑤各block二倍型未见与胃癌阳性相关。  3.位点互作分析  采用MDR数据挖掘方法发现,TRIT1与MYCL1、MYCL1与MFSD2A存在互作关系。TRIT1及MYCL1之间由rs6600301、rs2172362、rs230310、rs11581557、rs3134615和rs3103780组成的六位点模型、MYCL1和MFSD2A之间由rs3134615、rs4233508、rs6676052,rs11207227和rs12072696组成的五位点模型,具有最小的预测误差和最大的交叉验证一致性,是预测胃癌易感性的最佳互作模型。  结论:  1.TRIT1、MYCL1、MFSD2A区域单核苷酸多态性与胃癌发生发展密切相关。在TRIT1、MYCL1、MFSD2A基因区域发现了多个与胃癌阳性关联的SNP和单倍型,尤其是TRIT1基因区域的一个单倍型“CCGT”能够显著增加胃癌患者淋巴结转移的风险,MFSD2A基因区域的一个单倍型“CC”能够显著增加罹患贲门癌的风险。这两个单倍型有望成为判断胃癌易感性和评估患者预后的重要分子标志物。TRIT1与MYCL1之间、MYCL1与MFSD2A之间存在着基因互作关系。  2.加强对TRIT1、MYCL1、MFSD2A基因区域的精细扫描辅以在其它更大独立样本的复制和功能验证,有望鉴定出真正的致病位点,为胃癌的预防、诊断、治疗和预后判断提供更加可靠的分子标志物。
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