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丁型冠状病毒(Deltacoronavirus)是2009年发现和在2011年正式划分的第四种冠状病毒属，其属内的病毒基因组特征与其他冠状病毒属有较大差异。猪丁型冠状病毒(porcine delta coronavirus，PDCoV)是一种新型猪冠状病毒，与PEDV和TGEV类似，PDCoV能够引起猪的肠道疾病，导致腹泻、呕吐和脱水，尤以哺乳阶段仔猪发病最为严重。 自2011午香港首次发现该病毒以来，在美国，韩国均已有PDCoV发病报道，给各国养殖业带来巨大隐患，而我国内地暂未有相关报道。 本研究首先建立了实时荧光定量PCR用于特异性地检测PDCoV;通过该方法对2014年来自我国浙江、江苏、河南等10个省份的猪临床病料包括粪便和小肠匀浆进行检测，并进行感染率调查;对获得的三个阳性样本进行PDCoV全长基因组扩增并克隆，为后续的建立PDCoV反向遗传学系统打下了基础。 1、PDCoV实时荧光定量PCR检测方法建立 检测并获得四川毒株阳性样本，以其片段作为标准品建立实时荧光定量PCR检测方法，确定最优的PCR引物与荧光定量探针、退火温度、循环数，样本添加浓度等条件。 2、PDCoV感染率调查 从我国10个省份254份样本中检出了来自湖南、江苏两地的11个阳性样本。PDCoV综合检出率4.33％，PEDV共感染率72.73％，表明我国内地已有PDCoV存在。 3、中国PDCoV全长基因组的获得与序列比对 对江苏、湖南、四川的代表性PDCoV毒株进行克隆，获得三条中国PDCoV全长基因组序列并进行分析比对。其中四川毒株已登录GenBank，其GenBankaccession number是KT266822。与其他国家地区PDCoV序列进行比较，发现四川毒株S27在ORF1a区域有两个特有的片段缺失，分别与HKU15-44和HKU15-155有着98.8％和99.1％的序列相似度，同时与美国各PDCoV毒株有着98.9到99.0％的序列相似度。由此可见，S27在系统发生学上亲缘关系介于HKU15和美国毒株之间。它的发现填补了2012年香港毒株公布之后至2013年北美PDCoV发现之前的空白，可能能够揭示PDCoV传播至北美的过程。湖南毒株与四川毒株亲缘关系非常相近，在ORF1a区域有一个片段缺失。江苏毒株填补了HKU15的两个毒株之间的跨度，分化时间非常早，可能在PDCoV首次发现时就研究存在。 我国在湖南、四川、湖北等地也陆续发现了新的PDCoV毒株，分析表明中国香港及大陆各地毒株差异较大，且分化时间可能先于美国及韩国地区。OhioCVM1-2014 E基因与三个中国毒株相同，可能发生重组。 综上所述，本研究建立了PDCoV的特异性实时荧光定量PCR检测系统，首次在我国内地发现了PDCoV的存在，并获得了三株中国毒株的全长基因组序列，为后期反向遗传学研究和对该病的防治打好了基础。