高科技企业创新生态系统是以客户需求为导向，以“协作R&D、知识产权许可、技术标准合作”为核心的技术标准化战略为纽带，由高科技企业在全球范围内形成的基于构件/模块的知识异化、共存共生、共同进化的创新体系，具有技术创新模块化、技术资源互补配套性，合作关系生态化以及组织结构动态变化性等特征。高科技产品技术复杂性与创新要求迫使高科技产业合作逐渐呈现出基于网络的虚拟化趋势，传统的以生产和销售为中心的高科技创新企业已经逐步转向为从R&D到技术标准的全方位合作。作为合作创新的重要组织形式——高科技企业创新生态系统具有资源共享、降低技术创新风险、推进技术标准形成、提高企业竞争力以及实现多方共赢等功效，然而在现实经济活动中，以高科技企业创新生态系统形式的合作创新成功率非常低，其研发失败率高达40%～70%，不当的合作伙伴选择是其失败的主要原因之一。因此，本文对高科技企业创新生态系统伙伴选择机制的研究，具有非常重要的理论与现实意义。本文引入资源依赖理论、价值链理论、企业生态位理论和模块化理论等相关理论与方法，分析了创新生态系统形成机理、运行特征、运行结构，并进行了相关文献综述。在此基础上，本文对创新生态系统伙伴选择机理进行了深入地研究：分析了创新生态系统伙伴选择原则与动因，主要包括遵循资源优势互补、追求合作效益最大化、实现合作关系耦合以及合作风险最小化等四项原则；根据创新生态系统生命周期特征，分析了合作伙伴基本类型，主要分为平台型企业和配套型企业；结合创新生态系统的运行特征及相关研究成果，深入分析了创新生态系统伙伴选择影响因素，其影响因素包括企业技术研发能力、技术标准能力、用户基础规模与市场地位、技术资源互补性、合作企业间兼容性以及声誉与信任等，并设计出一套包括6项一级指标和19项二级指标的高科技企业创新生态系统伙伴评价指标体系。最后本文设计出创新生态系统合作伙伴评价的基本框架，将合作伙伴评价过程分为前后两个阶段，分别引入系统聚类分析模型、伙伴选择与企业绩关系模型，并对创新生态系统伙伴评价体系进行优化处理，提出指标数据的具体处理方法和流程。为了使研究更具现实意义，本文以TD-SCDMA产业联盟为对象，对前面所述的高科技企业创新生态系统伙伴评价指标体系、伙伴选择流程与模型进行实证研究，以检验高科技企业创新生态系统伙伴选择控制体系可行性与科学性。通过多种途径、手段进行数据收集，对数据信息进行初步分析，结合优化后的评价指标体系，运用EXCEL、SPSS13.0等软件进行聚类分析及相关分析。通过实证分析表明，高科技企业创新生态系统伙伴选择控制体系具有较好的可操作性和指导意义。