不同生长速度猪背最长肌转录组测序分析及差异表达基因筛选

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骨骼肌是动物体内最丰富的组织,其生长发育是肉用家畜最重要的经济性状之一。肌肉生长快既可缩短出栏时间,又可降低饲料及管理成本,能产生较大的经济效益。随着功能基因组学的研究深入,人们认识到这些都是基因差异表达的结果。为了揭示不同生长速度猪的基因差异表达情况,寻找生长性状新候选基因,本研究选取了相同日龄、同一饲养条件下两组不同生长速度的杜洛克×二花脸F2代公猪,利用mRNA-Seq技术对196日龄的背最长肌转录组进行测序分析,并筛选差异表达基因,取得了如下结果:   1.利用Solexa mRNA-Seq技术分析196日龄猪背最长肌的基因表达情况,发现约有13122-13726个基因发生表达(RPKM>0),其中约有6710个基因存在可变剪接形式;   2.根据读长序列信息我们对背最长肌中11732个基因的外显子-内含子边界、3'-UTR和5'-UTR区域进行了重构和优化,找出存在的可变剪接形式,同时发现了1811新的转录本;   3.在生长快慢两组个体间找到75个差异表达基因,其中有15个基因未被注释,11个基因的蛋白功能并不清楚,其余49个基因中有23个基因在生长快组中发生上调,26个基因在生长快组中发生下调,差异表达基因的功能主要集中在三大营养物质代谢和DNA复制与转录方面;   4.差异表达基因主要落在生长性状和肉质性状的QTL区域,其中有13个基因落在生长性状QTL区域内,包括体重QTL内有5个,平均日增重QTL内有9个,平均日采食量QTL内有2个,总采食量QTL内有2个;17个基因落在肉质性状QTL区域内,包括眼肌面积QTL内有7个,肉色QTL内有12个,背膘厚QTL内有9个,肉剪切力QTL内有7个,肉pHQTL内有7个,滴水损失QTL内有3个,肌内脂肪含量QTL内有4个。这些基因可作为相关性状的候选基因用于进一步研究。
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