蛋白质芯片是一项强大的蛋白质组学研究技术,过去十几年中,该技术已被广泛地用于基础研究和临床研究。到目前为止已累计了大量的原始芯片实验数据,仍缺乏一个专门为蛋白质芯片量身打造的数据库,绝大部分蛋白质芯片数据仍零散存储在众多的研究组,不能有效地共享以进一步发挥数据的价值。针对这一问题,我们构建了一个蛋白质芯片数据库(PMD:Proteome Microarray Database)(www.proteinmicroarray.cn),作为专门储存和分享蛋白质芯片原始数据的公共数据库平台。PMD现在已经收录的蛋白质芯片数据来自多种不同的芯片类型,如蛋白质组芯片、抗体芯片和凝集素芯片等。在该数据库中,用户可以浏览和搜索蛋白质芯片相关数据和信息,为了提高数据库使用效率,我们提供多因子搜索功能,如实验名称、芯片类型名称等。另外,为了方便那些对蛋白质芯片数据感兴趣的用户挖掘数据信息,PMD还整合了多个关键的生物芯片和蛋白质组数据分析工具,提供了一个自动化的数据分析接口,用户只需上传原始数据并定义相关分类和信息,提交后,PMD将自动完成分析并生产完整的分析报告待用户下载。完整的分析报告包括数据标准化结果、差异信号点筛选结果、聚类和注释结果等。且蛋白质芯片相关的高影响文章也将被及时地收录在PMD中,并按照严格的分类进行储存和展示。据我们所知,PMD是首个专门储存和分享蛋白质芯片数据的公共平台。在该在线数据库中,用户可“一站式”获取蛋白质芯片实验的数据和相关信息,具体包括原始芯片数据、芯片信息和芯片文章信息等。如此同时,用户还可利用数据库内嵌的“一键式”数据分析工具来进行蛋白质芯片数据的分析和深度挖掘。我们相信PMD能有效提高蛋白质芯片数据储存和分享的效率,并促进蛋白质芯片技术的进一步广泛应用,和技术本身的发展。