Java智能卡已经逐渐被广泛应用于银行、通信等安全性要求很高的领域中。但是受限于当前智能卡的硬件资源，特别是多应用智能卡的流行，卡片的存储资源越来越受到重视，Java卡虚拟机的具体实现方式和相关机制也严重影响了卡片的执行效率。因此，对卡片中得存储管理进行优化改进是十分必要的。在分析了Sun公司给出的Java卡EEPROM的管理算法之后，总结出现有算法的缺陷，提出了一种带碎片整理的EEPROM管理算法。研究Java卡EEPROM的存储管理方式，对存储方式改进，能提高其存储效率。首先通过分析Java卡的写操作机制以及Sun公司的Java卡参考实现中EEPROM管理方式，发现其存在存储碎片多，空闲空间不连续，存储效率不高等缺陷。然后针对上述的缺陷对EEPROM的结构重新设计，在EEPROM的结构中设置了一些重要的标志位，提出一种带碎片整理的存储管理方式，详细叙述此方式下的空间分配、空间释放算法以及放拔掉电处理。最后给出了这种带碎片整理的EEPROM管理算法的实现，通过相关实验测试，EEPROM的空间分配、释放都能正常进行，并且在EEPROM完成碎片整理后，其空闲页都能有效的紧凑到存储器的尾部，为下次的存储提供最大化的连续空闲空间，表明此EEPROM的管理方式是高效可行的，并提出了一些进一步改进效率的建议和展望。