棉花枯萎病是由尖孢镰刀菌萎蔫专化型（Fusarium oxysporum f.sp.vasinfectum）引起的危害比较严重的土传病害。已经报道的棉花枯萎菌有8个不同生理小种。目前中国报道的有3号、7号和8号生理小种，其中7号生理小种分布最为广泛，遍布各大棉区。本实验室前期研究发现，中国存在一类与澳大利亚亲缘关系比较近的新的棉花枯萎菌生理型菌株。由于以往报道证明，澳大利亚生理型菌株在偏碱性土壤中致病力比较强。因此，本论文首先通过镰刀菌酸合成酶基因PKS序列对分离的新的棉花枯萎菌生理型菌株进行了分类，然后比较了新生理型菌株H70、7号生理小种以及澳大利亚标准型菌株镰刀菌酸的产生差异，最后，比较了不同土壤类型对棉花枯萎菌新生理小种致病力以及根际定殖能力的的影响。研究结果为棉花枯萎病抗病品种的培育以及品种的合理布局提供依据。
　　通过对镰刀菌酸合成酶基因进行测序比较，明确新生理型菌株的分类地位;利用乙酸乙酯萃取法提取毒素发酵液中的镰刀菌酸并且利用HPLC技术分离及液质联用进行毒素的鉴定;采用温室栽培的方法，探讨新生理型菌株在河北沧州、保定、定兴和黄骅土壤中的致病力，分析土壤理化性质与病原菌致病力的关系，进一步利用常规稀释平板法和Real-time PCR法快速检测土壤含菌量。取得了以下研究结果:
　　(1)通过镰刀菌酸合成酶基因序列比对，证明新生理型菌株与澳大利亚生理型菌株亲缘关系较近;
　　(2)通过乙酸乙酯萃取法对7号生理小种、澳大利亚小种和新生理型菌株发酵液进行粗毒素提取，采用高效液相色谱技术分离出一种主要毒素，结构鉴定显示尖孢镰刀菌萎蔫专化型的这种毒素为镰刀菌酸，又叫萎蔫酸，分子质量为180.1024。
　　(3)利用叶片穿刺方法探明镰刀菌酸对棉花叶片的毒性作用，分别用7号小种、澳大利亚小种和新生理型菌株产生的镰刀菌酸溶液进行毒性测试，结果显示7号小种和新生理型菌株均能产生病斑。
　　(4)分析了不同理化性质的土壤对新生理型菌株致病力的影响，结果表明，在4种土壤中，新生理型菌株的致病力均低于7号生理小种。选用感病品种冀棉11，在灭菌土和非灭菌土中播种，结果表明，不同菌株对冀棉11的致病力存在差异，在四个地点的灭菌土中新生理型菌株的致病力弱于7号小种，且在灭菌土中棉花枯萎病的病情指数高于非灭菌土。
　　(5)采用平板稀释法及Real-time PCR检测土壤中病原菌的数量，结果表明在棉花枯萎病发生的处理中根际土的尖孢镰刀菌数量与病情指数成正比，而在未接病原菌的处理中未检测到尖孢镰刀菌，与稀释平板计数法相比荧光定量PCR技术是更方便、快速、准确的非细菌培养的定量方法。