琼东南盆地中央峡谷平面上呈"S"型、NE向展布,西起莺歌海盆地中央凹陷带,经乐东凹陷、陵水凹陷、松南凹陷、宝岛凹陷、长昌凹陷,向东延伸进入西沙海槽。剖面形态上存在"V"型、"W"型、"U"型和复合型等4种类型。通过不同区域峡谷下切底界面的形态变化及充填特征,将中央峡谷划分为东段、西段和转换段3个区段,转换段与琼东南盆地的构造转换段相一致,即以西地区控凹断裂为NE向,而以东地区控凹断裂渐变为NEE或EW向。琼东南盆地中央峡谷的成因与构造作用和深水沉积作用关系密切,峡谷东段主要受构造作用控制,特别是深部隆起的存在为黄流期中央峡谷的形成提供了"限制性"作用,并且为后期中央峡谷的发育提供了"限制性通道";西段则受深水沉积作用的控制,重力流沉积为中央峡谷的下切和充填提供了来源。每期中央峡谷的形成均稍早于或与该时期陆坡的发育同期,最早形成于盆地东部,并随陆坡的持续向西迁移表现为不断向西上溯,下切能力逐渐减弱。