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本文运用Gaussian98 MP2/6-311G(d,p)级的从头计算法计算了DNA分子中胞嘧啶碱基中H13质子的势能曲面。发现有两个势阱：其中一个对应正常的胞嘧啶,而另一个则对应它的顺式亚胺式互变异构体。质子在这两个势阱的束缚对热扰动是稳定的，质子在势阱中像单摆一样绕着离它最近的氮原子摆动,还可以远离氮原子与其它碱基形成氢键。估算出的H13质子从一个势阱到另一个势阱的穿透几率表明质子呆在其中一个势阱中的寿命大约是6×102a,这使胞嘧啶和它的顺式亚胺式互变异构体在室温气相实验中远不能达到热平衡。