由于国家层面尚未出台统一的制度规范，全国各省市的具体操作办法有差异，但也有许多方法值得互相学习与借鉴。
　　代建制的适用范围。一般都限于非经营性政府投资项目，但具体范围有所不同，各地普遍出台代建制管理办法或暂行办法，对实行代建的项目范围进行了明确规定。广西规定政府投资超过200万元（含200万元），浙江、云南、四川规定政府投资500万元以上，宁夏、重庆规定总投资1000万元以上非经营性政府投资项目应当（或必须）实行代建制。福建规定省属社会事业重点项目实行代建制，不实行代建制的要作出书面说明并经省政府批准，目前代建制已辐射至交通领域。厦门对财政投资的项目已全面强制推行代建制。海南规定除具有自主组织建设能力的专业管理单位经批准可不实行代建制外，其他政府投资项目必须实行代建制，尤其是交通部门改变原来道路建设的指挥部模式，从2005年引入代建制，“十一五”期间海南公路建设项目投资200多亿元，160亿元实行代建制管理，由省交通厅直管的重点项目全部实行代建制。
　　代建制的主管部门。在代建制的工作推进和实施上，各地都建立了顺畅的部门沟通协调机制，形成分工合作、齐抓共管的工作局面。一般由发改部门作为代建制的主管部门，牵头财政、住建、审计、监察等部门，建立协作机制，共同推动代建制的实施。四川成立“省政府投资非经营性项目代建领导小组”高规格管理机构，由省政府副省长任组长，省政府副秘书长、省发改委主任、省住建厅厅长任副组长，省发改委、省财政厅、省住建厅、省监察厅、省公安厅、省国土厅、省审计厅为成员单位，研究解决代建工作中的重大问题。省代建领导小组下设办公室，负责代建管理日常工作。宁夏成立“省政府投资非经营性项目代建制办公室”，发改部门作为代建制主管部门牵头负责并承担日常工作，财政、监察、建设、审计等单位协作，在政策制定、代建单位选择、重大问题协调、竣工验收等方面共同参与。浙江、福建、海南、重庆等省市代建制也均由发改部门牵头，负责制定政策制度、指导和协调代建制工作、监管代建制实施等，财政、住建、审计、监察等部门按照各自职责对代建项目实施协调、监督和管理。
　　代建单位的选择。具体分为三种情况：一是通过招标选择社会专业性的项目管理公司作为代建单位。北京、重庆、广东、广西、海南等大多数地区均采用这种方式，国家发展改革委对第一个实行“代建制”的中央政府投资项目——中国残疾人体育综合训练基地，也是通过招标确定代建单位。重庆、宁夏等地在组织代建机构招标时，设置了项目经理述标环节，由评标机构对项目经理进行现场交流提问，考查项目经理对项目熟悉程度，代建项目建设计划安排，施工建设的经验等方面内容予以综合考评。二是政府选定一些具有较强实力的国有建设公司、咨询公司或项目管理公司作为备选代建机构，再根据项目情况在这些机构中确定代建单位，如上海市、河南省、武汉市等。三是政府组建常设性事业单位，由政府授权来代建政府投资工程项目，如深圳市的建设工务局、安徽省的公益性项目建设管理中心等。
　　代建制的制度建设。一是对代建单位的监管。大部分地区在颁布代建管理办法中，均明确对代建单位实施资质管理。四川、重庆、宁夏、浙江等省市设定相应资格标准，通过公开征集、专家评审、实地考察等方式，确定符合资质要求的代建单位，颁发《代建资格证书》。福建、重庆、宁夏等地建立代建单位名录库，通过年审等方式建立进退机制，实行动态管理。杭州等地对代建单位实行代建资格备案制度，要求具有一级（甲级）资质两项以上。二是代建过程的规范管理。在代建制的规范管理中，不同的地方有不同的实施措施，总体而言，各地普遍通过签订代建合同约定各方的责任、权利、义务，实现投资方、代建方、使用方三方分离和相互制衡。投资方“放手不撒手”，给予代建单位权限，发挥专业优势，同时全过程参与项目监管，发改部门通过审定招标方案、招标文件和代建合同等，牵头负责代建单位招标、代建合同签订和代建制实施的监督管理，财政部门负责项目资金使用的监督管理，建设行政部门负责项目建设过程中的建设行政管理；代建方“到位不越位”，在合同明确的职权范围内独立开展工作，确保投资、质量、安全、进度等；使用方“参与不掺和”，在项目方案设计和建设等阶段积极参与，办理或协助相关手续。三是代建服务费和奖惩。北京、重庆、海南等采用招标方式确定代建单位的地区，都通过招标确定代建服务费。广西、广东、宁夏、云南、浙江、福建等地按照项目总投资确定代建服务费。为强化约束，北京、广西、福建、浙江等地要求代建单位按照一定比率提供银行履约保函，如决算投资超过批准概算数，超过部分由银行履约保函中支付；另外，因代建单位原因，造成工期拖延、工程质量问题的，予以罚款。