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国家创新系统在经济全球化的今天越来越受到跨国公司R＆D投资的影响。基于主成分分析的方法，以东道国为视角，对跨国公司R＆D投资对国家创新系统的影响作了实证分析。研究发现，跨国公司R＆D投资对国家创新系统的知识创造能力、企业技术创新能力和创新绩效作用并不显著，但它显著地促进了知识流动能力和技术创新环境，并且带动了国内企业的R＆D投资，从而对国家创新系统产生积极作用。