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运用三阶段动态博弈和“委托一代理理论”，对科研项目监理模式下的委托方（市科委）与代理方（项目监理方）之间的委托代理关系进行分析。根据不同的假设条件构造了两类委托方与代理方之间的函数分析模型，在此基础上分析了两博弈方（委托方和代理方）的选择和行为。通过设计合理的相关内外部约束机制，有效抑制代理方容易出现的问题，为我国科研项目监理制度进一步完善提供有益的启示。