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2006年和2007年，南城子水库鲢鱼连续暴发细菌性败血症。此病于1994年7月份首次发现，至8月底结束，死鱼量大约为24万吨，2004年8～9月份第二次发生，比1994年程度较轻，2005年轻微发生，2006年8～9月份是发病最为严重的一次，死亡约45吨，2007年发病也在8～9月份，程度比2006年稍轻，死亡约30吨，发病和死亡的个体规格大多为0．5～2．0千克。