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2004年5月的调查共获大型底栖生物50种，种数和丰度的优势生物为多毛类动物，而底栖鱼类和蜢虫的生物量占明显优势。长江口大型底栖生物平均生物量为17．57g／m^2，平均丰度为150ind．／m^2。生物量和丰度密集区集中在盐度25度线附近海域。根据Bray-Curtis相似性系数聚类分析和多维排序尺度分析，长江口大型底栖生物可划分为四个群落：Ⅰ圆筒原盒螺-滩栖阳遂足-棘刺锚参-背蚓虫群落；Ⅱ圆筒原盒螺-钩虾群落；Ⅲ背蚓虫-奇异稚齿虫-不倒翁-尖叶长手沙蚕-近辐蛇尾群落；Ⅳ短叶索沙蚕-长吻沙蚕-纽虫群落。