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【目的】明确当前新疆北部棉区黄萎病菌菌系变异和致病力分析情况。【方法】从新疆北部植棉区获得17个棉花黄萎病菌单孢菌系,对其培养特性、致病型、致病力以及ISSR遗传变异进行了研究。【结果】供试17个菌株全部为菌核型,其中落叶型菌系（Defoliating type,D型）有13个,占76.5%;非落叶型菌系（Non-defoliating type,ND型）有4个,占23.5%;D型平均病指（58.72）略高于ND型平均病指（52.7）。在泗棉3号上D型平均病指高于ND型,而在奥3503上D型平均致病力低于