工程款结算应遵循“有约定从约定”原则，政府内部规定不能超越法律。
　　首先，依据“有约定从约定”的原则，应按照约定优先支付工程款。如果政府与乙公司在签订合同时，约定了按合同标的支付工程款，工程完工验收合格，政府理应按合同约定支付工程款；如果双方合同约定按审计结果支付工程款，那就应按约定审计后才能支付。
　　其次，约定不清或没有约定的，双方应平等协商解决。如果乙公司没有按合同约定完成工程量，应该通过审计核减工程造价；若是工程质量等方面存在问题，应按约定处理或者协商解决。合同法第六十一条规定“合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。”
　　政府方面不能以政府投资性工程非经审计不得支付工程款为由，随意削减工程款。如果政府内部有强制性财经规定，那么，政府方面在招投标公告和签订合同时就应先行告知和约定。否则，与承建公司主张合同权利无关。