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扎龙自然保护区水环境污染较重，主要表现为水体有机污染和富营养化，总氮、总磷、高锰酸盐指数超标率达100％。水质与水生生物评价结果表明湿地水环境处于中、重度污染程度。其污染原因是生活污水、工业废水的排放和农药、化肥的施用等。扎龙自然保护区补给水量不足，年缺水约3亿矗。综上所述，提出了开展湿地宣传教育活动；建立科学的资源与环境生态水利体系；建立湿地水文监测系统等5条措施，为研究自然保护区水环境与湿地资源的可持续发展提供了理论与方法。