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多种感染的预后决定于抗菌治疗介导的清除病原菌的作用。不过，有关呼吸道感染治疗中对清除病原菌的需求存在争议。现有的临床资料支持治疗中耳炎应清除病原菌，其它呼吸道感染也可能如此。因为细菌耐药性的增长降低了清除病原菌的可能性，未能清除的病原菌又会促使耐药菌株产生和扩散。可利用药物动力学／药效学参数预测抗菌治疗的细菌学疗效。总之，清除病原菌应该是呼吸道感染抗菌药治疗的目标。