【摘 要】
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目的:研究mRNA前体3端剪接调控因子NUDT21对白血病K562细胞转录本选择性剪接的影响.方法:以白血病K562细胞为研究对象,通过慢病毒敲减Nudix水解酶21 (Nudix hydrolase 21,NUD
【机 构】
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山西医科大学第一医院血液科,山西太原300012;
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目的:研究mRNA前体3端剪接调控因子NUDT21对白血病K562细胞转录本选择性剪接的影响.方法:以白血病K562细胞为研究对象,通过慢病毒敲减Nudix水解酶21 (Nudix hydrolase 21,NUDT21)后,应用转录组测序RNA-Seq方法明确干扰前、后转录本的表达水平.生物信息学方法分析差异表达基因及可变剪接的变化,并用qPCR验证.结果:NUDT21敲减后K562细胞基因差异表达表现:上调5 196条,下调3 917条;转录本差异表达表现:上调22 200条,下调19 728条.通过GO和KEGG分析,NUDT21敲减后表达显著差异的转录本主要与细胞粘附分化、造血细胞系及自身免疫等过程相关.差异显著的选择性剪接共有436个,主要涉及细胞增殖、代谢等多个生物学过程的调控.ERBB2、MAPK激酶MKNK2、G蛋白偶联受体GRK6、真核细胞翻译延伸因子EEF1B2、细胞周期蛋白CCNL2、有丝分裂检查点蛋白BUB3等出现mRNA前体3端的剪接改变.其中ERBB2mRNA变体1的表达减少,变体4的表达增多.结论:NUDT21通过包括mRNA前体3端可变剪接在内的多种调控方式从较高层面影响细胞的生物学功能.
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