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学院创建于1950年，前身是国立云南大学农学院畜牧系，建址昆明市呈贡县，1960年设立云南畜牧兽医学院，1961年合并至昆明农林学院成立小哨分院，1964年小哨分院迁至昆明农林学院本部昆明北郊黑龙潭成立畜牧兽医系，1969年搬迁至大理州宾川县，1970年迁至原曲靖地区寻甸县，1971年成立云南农业大学畜牧兽医系，1979年迁回昆明北郊黑龙潭。1995年成立云南农业大学动物科学技术学院。