对湄公河流域的生态环境造成破坏的另一种活动是农作物灌溉。从湄公河抽取的大部分水都用于农作物灌溉。随着新开垦土地不断被用作农作物种植，对灌溉水的需求大幅增加。
　　从世界范围看，人们消耗的淡水大约有70%用于农作物灌溉。为了应对日益膨胀的人口，人们不得不努力提高粮食产量，为此要修改河道，抽干内陆海，抽取几千年才聚集起来的地下水。更糟糕的是，流入灌溉系统的水大约有一半实际上未被农作物吸收而浪费掉了。还好，湄公河目前还有水可以流入大海，但世界上的一些大型河流，包括科罗拉多河、恒河、约旦河、尼罗河、格兰德河和黄河等，已经成为季节性河流。
　　农业还是一个主要的污染源。在湄公河流域，农业生产严重依赖杀虫剂和化肥，来自农田的各种化学物质、养分和沉积物流入湄公河，导致水质下降，破坏了野生生物栖息环境。
　　一些发达国家已经为过去的盲目发展付出了代价，目前正在为应对这一主要污染源疲于奔命。以美国为例，来自中西部农田里的杀虫剂、化肥和牲畜粪便，已在密西西比河墨西哥湾入海口制造了一个死亡地带。在这片区域，由于滥用杀虫剂，沿海藻类种群在营养物的滋养下大量繁殖，从春季到晚夏。密集的海藻群疯狂地掠夺水中的氧气，这种低氧状况驱走了浮游生物，杀死了蚌蛤以及其他当地非迁移物种。目前在世界范围内，共有140多个死亡区域，而且每个区域的面积都在不断扩张。现在湄公河上也出现了一些死亡地带。
　　
　　生物入侵
　　
　　生物入侵是造成湄公河流域生态环境恶化的又一罪魁祸首。大部分物种在自己的生态环境中都会受到自然天敌或其他环境条件的制约，但来自远方的生物则不同，因缺乏天敌等制约，它们繁殖迅速，比本地物种更具竞争力，甚至有可能改变整个生态系统。大部分人为引进的生物入侵是偶然产生的，但某些生物入侵，如钓鱼者放生的鱼，用来稳固土壤的植物等，则是人的一种故意行为。
　　刺轴含羞草是一种多刺灌木，原产于美洲大陆，是作为观赏植物或抗腐蚀植物而输出的，而目前已经成为世界上破坏性最大的水生入侵物种之一 。这种植物一旦站稳脚跟，就会形成稠密的群落，以致压倒当地植物。自1979年人们在湄公河上第一次发现刺轴含羞草后，这种植物随着洪水迅速扩张，现在正在湄公河流域各条河流上泛滥。由于它们侵占水鸟的生活环境，许多依靠当地草类植物获取食物和栖息地的水鸟种群数量正在急遽下降。
　　
　　过度捕捞
　　
　　在湄公河流域的某些地区，由于人们的过度捕捞，鱼类正面临在劫难逃的厄运。
　　
　　湄公河巨鲶是世界上最大的鲶鱼，体长可达3米，体重300多千克。由于躯体硕大，肉质鲜美，各城市餐馆纷纷以高价收购，渔民因此从中获取可观收入。在20世纪中期，渔民每年能捕获数百条巨鲶。但是，近几年来，由于过度捕捞，加之栖息地遭破坏，水坝修建及航运工程等使产卵地改变，湄公河巨鲶的年捕捞量已下降到不足10条。湄公河巨鲶已濒临灭绝。
　　鱼类不是过度捕捞的唯一受害者。柬埔寨洞里萨湖曾盛产水蛇，但现在由于每天有10000多条水蛇被捕捞，用于人工饲养鳄鱼，其种群数量已严重下降。人们的过度捕捞破坏了湄公河流域的食物链，在捕尽了处在食物链顶层的食肉动物和大型水生动物后，渔民们又将渔网撒向更小的生物。
　　这种竭泽而渔式的做法造成的最终后果是，湄公河流域淡水生物被列入世界最濒危物种之中，包括淡水蜻蜓、豆娘、蚌类、鱼类、两栖动物、爬行动物、鸟类以及哺乳动物等，全都处于危机之中。
　　更令人不安的是，湄公河流域的生态危机不过是全球河流生态危机的一个缩影。
　　
　　现在，有越来越多的人开始关注湄公河流域的生态问题。也许我们可以采取措施扭转环境恶化趋势：拆除拦河大坝，设计充分考虑河流循环自然模式的新型大坝；改变粮食种植方法，发明更加高效的灌溉技术，增加雨水储存，从而减少对淡水的大量抽取；避免使用有害化学物质，减少对淡水资源的污染……