重庆尽管在建立适合企业自主创新机制方面不乏成功的范例，在科技成果转化为生产力的保障机制建立方面也做得有声有色，但从整体上看，大多数企业在建立推进自主创新的机制上却步履缓慢，有助于自主创新的产权机制、用人机制、投融资机制、联合开发机制等不完善，跟发达地区相比，重庆企业在自主创新方面最大的差距还是机制。
　　以联合开发机制而言，重庆在产学研联合开发方面做得较好，但在有竞争关系的同行业内部，企业之间的联合开发却做得很差，尤其是汽车、摩托车行业表现最为突出。更重要的是，相当多的企业未实现真正意义的公司制改造，２００４年１６７家重点企业中，有３１家国有企业未进行公司制改造，在已建立公司制的１３６家企业中，有３６家仍是国有独资。
　　为此，要弥补这一最大的差距，增强重庆企业的自主创新能力，必须多管齐下——
　　一是完善产权制度，按照现代企业制度的要求，进行股权多元化改造，并允许技术、专利等要素，以股权形式进入企业。
　　二要完善、创新投融资机制。要形成企业逐年加大研发投入比例的机制，建立完善风险投资机制。
　　三要完善引进技术、消化吸收、创新发展的良性循环机制，克服重引进、轻消化吸收式的“自主创新”现象。
　　四要建立完善联合开发机制，重点支持汽车、摩托车行业整合内部科研资源，集中力量重点攻克关键共性技术。
　　五要完善政府支持机制。建立政府优先采购自主创新产品的机制；完善财税支持机制，充分利用财政补贴、税收优惠等手段，形成对进行自主创新的企业的实质性的支持，特别是要强化财政对自主创新的投入机制，政府要积极投入种子资金，在重大关键技术上，要加大财政资金的直接投入力度；完善人才流动机制，解决人才流动渠道不畅、不能充分发挥作用等问题。