【摘 要】
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为满足文本检索、计算生物学等领域海量数据匹配对高性能计算的要求，提出一种基于计算统一设备架构（CUDA）的位并行近似串匹配算法。结合图形处理器（GPU）的高并行计算结构及存储带
【机 构】
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北京科技大学计算机与通信工程学院,中国科学院计算技术研究所信息内容安全技术国家工程实验室
【基金项目】
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基金项目：国家“863”计划基金资助项目（2011AA010705）,国家自然科学基金资助项目（61003295）
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为满足文本检索、计算生物学等领域海量数据匹配对高性能计算的要求，提出一种基于计算统一设备架构（CUDA）的位并行近似串匹配算法。结合图形处理器（GPU）的高并行计算结构及存储带宽特性，通过优化数据存储方式，实现并行化动态规划矩阵算法（BPM）的加速，并对加速性能进行对比测试。实验结果表明，BPM算法通过GPU加速能获得20倍左右的加速比。
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